Updated deal.II in Spack (markdown)
[dealii.wiki.git] / deal.II-in-Spack.md
1 Table of Contents
2 =================
3
4    * [Using deal.II on Mac OS X and Linux via Spack](#using-dealii-on-mac-os-x-and-linux-via-spack)
5       * [Quick installation on the desktop](#quick-installation-on-the-desktop)
6       * [Installation example on a Centos7 cluster (Emmy cluster of RRZE, Erlangen, Germany)](#installation-example-on-a-centos7-cluster-emmy-cluster-of-rrze-erlangen-germany)
7       * [Enabling CUDA](#enabling-cuda)
8       * [Environment Modules](#environment-modules)
9       * [System provided packages](#system-provided-packages)
10       * [Installing GCC](#installing-gcc)
11       * [Best practices using Spack:](#best-practices-using-spack)
12          * [Info:](#info)
13          * [Extra options:](#extra-options)
14          * [Compiler flags](#compiler-flags)
15          * [Different versions coexisting:](#different-versions-coexisting)
16          * [Filesystem Views:](#filesystem-views)
17          * [Check before build:](#check-before-build)
18          * [Develop using Spack](#develop-using-spack)
19          * [Keep the stage to run unit tests](#keep-the-stage-to-run-unit-tests)
20          * [MKL and Licensed software](#mkl-and-licensed-software)
21          * [Freeze package versions](#freeze-package-versions)
22       * [Known issues using Spack:](#known-issues-using-spack)
23
24 # Using deal.II on Mac OS X and Linux via Spack
25
26 The deal.II suite is also available on Spack (https://github.com/LLNL/spack) -- a flexible package manager developed with High-Performance-Computing in mind. It is intended to let you build for many combinations of compiler, architectures, dependency libraries, and build configurations, all with a friendly, intuitive user interface.
27
28 For a quick overview of Spack's features, we recommend this short presentation https://tgamblin.github.io/files/Gamblin-Spack-SC15-Talk.pdf
29 or the following videos from lead developers:
30 [Massimiliano Culpo - SPACK: A Package Manager for Supercomputers, Linux and MacOS](https://www.youtube.com/watch?v=Qok-nXfIWfg) and 
31 [Todd Gamblin (LLNL) - Managing HPC Software Complexity with Spack](https://www.youtube.com/watch?v=Ie1cZTR09kk).
32
33 [Spack tutorial 101](http://spack.readthedocs.io/en/latest/tutorial.html) is good place to start as well.
34
35 Note: Spack is in active development and is in alpha state, thereby below we recommend using the specific snapshot of the code (hash), that was tested on macOS / Ubuntu / CentOS7 with deal.II and is being used to run the complete testsuite on `Unbutu18.04` with `openmpi` and `openblas`. See [Continuous section of CDash](https://cdash.kyomu.43-1.org/index.php?project=deal.II).
36
37 ## Quick installation on the desktop
38
39 Add the following to `~/.bashrc` (or equivalent)
40 ```
41 export SPACK_ROOT=/path/to/spack
42 export PATH="$SPACK_ROOT/bin:$PATH"
43 ```
44 `SPACK_ROOT` is the destination where you want Spack to be installed (i.e. `$HOME/spack`).
45
46 Now clone Spack
47 ```
48 cd $SPACK_ROOT
49 git clone https://github.com/spack/spack.git .
50 git checkout develop
51 git reset --hard 99f678035a279cf85a32a4fdbd98a117b9c1832f
52 ```
53
54 **Make sure C/C++/Fortran compilers are in path** (on Ubuntu you need to `sudo apt-get install gfortran`, on macOS you can compile `gcc` with spack, see [below](#installing-gcc), and you have **curl** (`sudo apt-get install curl`) to download packages. Then install the complete deal.II suite
55 ```
56 spack install --test=root dealii
57 ```
58 **DONE**! No extra (preliminary) configuration steps are needed on most Linux distributions. **IMPORTANT:** If you compile deal.II on a cluster, see the next section on how to use externally provided MPI implementation instead.
59 Additional option `--test=root` instructs Spack to run quick tests for `dealii`.
60
61 Before configuring your project you need to set `DEAL_II_DIR` by 
62 ```
63 export DEAL_II_DIR=$(spack location -i dealii)
64 ```
65 You may jump ahead and read [best practices using spack](#best-practices-using-spack). Also a good starting point is [Getting Started Guide](http://spack.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html).
66
67
68 ## Installation example on a Centos7 cluster (Emmy cluster of RRZE, Erlangen, Germany)
69 In order to use Spack on a cluster, there are two options: (1) you are a sysadmin and you know hardware details and can use Spack to properly configure and build MPI providers (e.g. `openmpi`); (2) you are a user and you need to make Spack work with MPI provided on your cluster. Below we consider the latter case.
70
71 Here is a brief step-by-step instruction to install deal.II on [Emmy cluster](https://www.rrze.fau.de/dienste/arbeiten-rechnen/hpc/systeme/emmy-cluster.shtml#access) of RRZE, Erlangen, Germany:
72
73 (1) Download spack
74 ```
75 module load git
76 mkdir $WOODYHOME/spack
77 cd $WOODYHOME/spack
78 git clone https://github.com/spack/spack.git $WOODYHOME/spack
79 git reset --hard 99f678035a279cf85a32a4fdbd98a117b9c1832f
80 export PATH=$WOODYHOME/spack/bin:$PATH
81 ```
82 (2) Load `openmpi` and let Spack find GCC compiler which is also loaded as a dependency:
83 ```
84 module load openmpi/2.0.2-gcc
85 spack compiler find
86 ```
87 (3) Add `openmpi` as an external package, along with `python` and a few other self explanatory setting for `deal.ii`. That is done by adding the following to `~/.spack/linux/packages.yaml`
88 ```
89 packages:
90   all:
91     compiler: [gcc]
92     providers:
93       mpi: [openmpi]
94       blas: [openblas]
95       lapack: [openblas]
96   openmpi:
97     version: [2.0.2]
98     paths:
99       openmpi@2.0.2%gcc@4.8.5: /apps/OpenMPI/2.0.2-gcc/
100     buildable: False
101   suite-sparse:
102     version: [5.1.0]
103   dealii:
104     variants: +optflags~python
105 ```
106 Those paths are the location where external packages can be found (i.e. `<prefix>` instead of `<prefix>/bin` or `<prefix>/lib`). `providers` section essentially tells Spack which packages to use to satisfy virtual dependencies such as `MPI`, `BLAS`, `LAPACK`, `ScaLAPACK`, etc. Here we also limit version of `suite-sparse` to `5.1.0` as we build with `gcc@4.8.5` whereas `5.2.0` requires at least `gcc@4.9`. 
107
108 (4) Now install deal.II:  `spack install dealii`.
109
110 (5) Here is an alternative setup with Intel compilers. Run `module load intel64/17.0up05` followed by `spack compiler find`. You should get the following new entry in `~/.spack/linux/compilers.yaml`:
111 ```
112 - compiler:
113     environment: {}
114     extra_rpaths: []
115     flags: {}
116     modules: []
117     operating_system: centos7
118     paths:
119       cc: /apps/intel/ComposerXE2017/compilers_and_libraries_2017.5.239/linux/bin/intel64/icc
120       cxx: /apps/intel/ComposerXE2017/compilers_and_libraries_2017.5.239/linux/bin/intel64/icpc
121       f77: /apps/intel/ComposerXE2017/compilers_and_libraries_2017.5.239/linux/bin/intel64/ifort
122       fc: /apps/intel/ComposerXE2017/compilers_and_libraries_2017.5.239/linux/bin/intel64/ifort
123     spec: intel@17.0.5
124     target: x86_64
125 ```
126 Edit it to have
127 ```
128     extra_rpaths: ['/apps/intel/ComposerXE2017/compilers_and_libraries_2017.5.239/linux/compiler/lib/intel64_lin']
129 ```
130 Then add to `~/.spack/linux/packages.yaml` paths to `intel-mpi` and `intel-mkl` as well as `cmake` which currently does not build with `Intel`:
131 ```
132   intel-mpi:
133     version: [2017.5.239]
134     paths:
135       intel-mpi@2017.5.239%intel@17.0.5: /apps/intel/mpi/2017.5.239/
136     buildable: False
137   intel-mkl:
138     version: [2017.5.239]
139     paths:
140       intel-mkl@2017.5.239%intel@17.0.5: /apps/intel/ComposerXE2017/
141     buildable: False
142   cmake:
143     version: [3.6.0]
144     paths:
145       cmake@3.6.0%intel@17.0.5: /apps/cmake/3.6.0/
146     buildable: False
147 ```
148 Finally install dealii 
149 ```
150 spack install dealii%intel~assimp~gmsh~petsc~slepc+mpi^intel-mpi^intel-mkl
151 ```
152 Note that `%intel` specified the compiler whereas `^intel-mpi` and `^intel-mkl` specified which implementation of MPI and BLAS/LAPACK we want to use. Here we also disabled `assimp` and `gmsh` as they do not build with `Intel`.
153
154 See [this discussion](https://groups.google.com/d/msg/spack/NxyNTAZyMQg/Klu2CHR8GQAJ) on more info about using Intel compilers in Spack.
155
156
157 ## Enabling CUDA
158 You can build the current development version of `dealii` with CUDA. A possible configuration of `packages.yaml` is
159 ```
160 packages:
161  dealii:
162   version: ['develop']
163   variants: +cuda cuda_arch=52
164  cuda:
165   version: ['8.0.61']
166 ```
167 where we specified explicitly CUDA architecture as well as version of `cuda` to be used.
168
169 ## Environment Modules
170 Spack provides some integration with Environment Modules and Dotkit to make it easier to use the packages it installs. For a full description, read http://spack.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html#environment-modules
171
172 To add the support for Environment Modules run
173 ```
174 spack install environment-modules
175 ```
176 Get the path to the prefix of `environment-modules` by:
177 ```
178 spack location --install-dir environment-modules
179 ```
180 and then add to `~/.bashrc` (or equivalent)
181 ```
182 MODULES_HOME=/path/to/environment-modules
183 source ${MODULES_HOME}/Modules/init/bash
184 . $SPACK_ROOT/share/spack/setup-env.sh
185 ```
186
187 If you install `deal.II` before setting up environment modules,
188 the module files have to be regenerated
189 ```
190 spack module refresh
191 ```
192
193 Then run
194 ```
195 spack load dealii
196 spack load cmake
197 ```
198 Now `DEAL_II_DIR` environment variable should be set appropriately and `cmake` executable will be available in path. Keep in mind that `spack load dealii` will also set `LD_LIBRARY_PATH` accordingly, this may or may not be what you need. An alternative is to use `export DEAL_II_DIR=$(spack location -i dealii)`.
199
200 ## System provided packages
201 Spack is flexible to use both self-compiled and system provided packages. 
202 In most cases this is desirable for `MPI`, which is already installed on computational clusters. To configure external packages you need to edit `~/.spack/linux/packages.yaml`. For `openmpi` this could be
203 ```
204 packages:
205   openmpi:
206     version: [1.8.8]
207     paths:
208       openmpi@1.8.8%gcc@6.2.0: /opt/openmpi-1.8.8
209     buildable: False
210 ```
211 In order to make sure that we use to build packages `1.8.8` version of `openmpi` and not the most recent one (i.e. `2.0.2`), we specified conretization preferences with `version: [1.8.8]`.
212
213 One can also specify which packages should be used to provide `mpi`, `blas/lapack` , preferred compilers and preferred variants:
214 ```
215 packages:
216   all:
217     compiler: [gcc,clang]
218     providers:
219       mpi: [openmpi]
220       blas: [openblas]
221       lapack: [openblas]
222     boost:
223       variants: +python
224 ```
225
226 For more elaborated discussion, see [Configuration Files in Spack](http://spack.readthedocs.io/en/latest/configuration.html).
227
228 ## Installing GCC
229 If your system does not provide any Fortran compiler or you want to have the most recent `gcc`,
230 you can install it by
231 ```
232 spack install gcc
233 ```
234
235 Assuming that you configured [Environment Modules](#environment-modules), load `gcc` and let Spack find the newly installed compilers:
236 ```
237 spack load gcc
238 spack compiler find
239 ```
240 Now you can install deal.II with `gcc`
241 ```
242 spack install dealii%gcc
243 ```
244
245 If you are on the mac, read the following instructions on [Mixed Toolchains](http://spack.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html#mixed-toolchains).
246
247 On following these instructions, you will be able to install deal.II with clang+gfortran
248 ```
249 spack install dealii%clang
250 ```
251
252 ## Best practices using Spack:
253
254 Spack is complicated and flexible package manager primarily aimed at High-Performance-Computing.
255 Below are some examples of using Spack to build and develop deal.II:
256
257 ### Info:
258 If you are not sure which options a given package has, simply run
259 ```
260 spack info <package>
261 ```
262 The output will contain available versions, variants, dependencies and description:
263 ```
264 $ spack info dealii
265 CMakePackage:   dealii
266
267 Description:
268     C++ software library providing well-documented tools to build finite
269     element codes for a broad variety of PDEs.
270
271 Homepage: https://www.dealii.org
272
273 Preferred version:  
274     8.5.1      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.5.1/dealii-8.5.1.tar.gz
275
276 Safe versions:  
277     develop    [git] https://github.com/dealii/dealii.git
278     8.5.1      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.5.1/dealii-8.5.1.tar.gz
279     8.5.0      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.5.0/dealii-8.5.0.tar.gz
280     8.4.2      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.4.2/dealii-8.4.2.tar.gz
281     8.4.1      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.4.1/dealii-8.4.1.tar.gz
282     8.4.0      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.4.0/dealii-8.4.0.tar.gz
283     8.3.0      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.3.0/dealii-8.3.0.tar.gz
284     8.2.1      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.2.1/dealii-8.2.1.tar.gz
285     8.1.0      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.1.0/dealii-8.1.0.tar.gz
286
287 Variants:
288     Name [Default]               Allowed values          Description
289
290
291     adol-c [off]                 True, False             Compile with Adol-c
292     arpack [on]                  True, False             Compile with Arpack and
293                                                          PArpack (only with MPI)
294     build_type [DebugRelease]    Debug, Release,         The build type to build
295                                  DebugRelease            
296     doc [off]                    True, False             Compile with documentation
297     gsl [on]                     True, False             Compile with GSL
298     hdf5 [on]                    True, False             Compile with HDF5 (only with
299                                                          MPI)
300     int64 [off]                  True, False             Compile with 64 bit indices
301                                                          support
302     metis [on]                   True, False             Compile with Metis
303     mpi [on]                     True, False             Compile with MPI
304     nanoflann [off]              True, False             Compile with Nanoflann
305     netcdf [on]                  True, False             Compile with Netcdf (only with
306                                                          MPI)
307     oce [on]                     True, False             Compile with OCE
308     optflags [off]               True, False             Compile using additional
309                                                          optimization flags
310     p4est [on]                   True, False             Compile with P4est (only with
311                                                          MPI)
312     petsc [on]                   True, False             Compile with Petsc (only with
313                                                          MPI)
314     python [on]                  True, False             Compile with Python bindings
315     slepc [on]                   True, False             Compile with Slepc (only with
316                                                          Petsc and MPI)
317     sundials [off]               True, False             Compile with Sundials
318     trilinos [on]                True, False             Compile with Trilinos (only
319                                                          with MPI)
320
321 Installation Phases:
322     cmake    build    install
323
324 Build Dependencies:
325     adol-c     cmake     hdf5     muparser    oce     slepc         trilinos
326     arpack-ng  doxygen   lapack   nanoflann   p4set   suite-sparse  zlib
327     blas       graphivz  metis    netcdf      petsc   sundials      
328     boost      gsl       mpi      netcdf-cxx  python  tbb
329
330 Link Dependencies:
331     adol-c     doxygen   lapack   nanoflann   p4est   suite-sparse  zlib
332     arpack-ng  graphviz  metis    netcdf      petsc   sundials      
333     blas       graphviz  mpi      netcdf-cxx  python  tbb
334     boost      hdf5      muparser oce         slepc   trilinos
335
336 Run Dependencies:
337     None
338
339 Virtual Packages: 
340     None
341 ```
342
343 A lot of `spack` commands have help, for example
344 ```
345 $ spack install -h
346 usage: spack install [-h] [--only {package,dependencies}] [-j JOBS]
347                      [--keep-prefix] [--keep-stage] [--restage] [-n] [-v]
348                      [--fake] [-f] [--clean | --dirty] [--run-tests]
349                      [--log-format {junit}] [--log-file LOG_FILE]
350                      ...
351
352 build and install packages
353
354 positional arguments:
355   package               spec of the package to install
356
357 optional arguments:
358   -h, --help            show this help message and exit
359   --only {package,dependencies}
360                         select the mode of installation. the default is to
361                         install the package along with all its dependencies.
362                         alternatively one can decide to install only the
363                         package or only the dependencies
364   -j JOBS, --jobs JOBS  explicitly set number of make jobs. default is #cpus
365   --keep-prefix         don't remove the install prefix if installation fails
366   --keep-stage          don't remove the build stage if installation succeeds
367   --restage             if a partial install is detected, delete prior state
368   -n, --no-checksum     do not check packages against checksum
369   -v, --verbose         display verbose build output while installing
370   --fake                fake install. just remove prefix and create a fake
371                         file
372   -f, --file            install from file. Read specs to install from .yaml
373                         files
374   --clean               clean environment before installing package
375   --dirty               do NOT clean environment before installing
376   --run-tests           run package level tests during installation
377   --log-format {junit}  format to be used for log files
378   --log-file LOG_FILE   filename for the log file. if not passed a default
379                         will be used
380 ```
381
382 ### Extra options:
383 One can specify extra options for packages in the deal.II suite. For example if you want to have boost with `python` module, this can be done by
384 ```
385 spack install dealii@develop+mpi~python ^boost+python
386 ```
387
388 If you want to specify blas/lapack/mpi implementations, this can be done similarly
389 ```
390 spack install dealii@develop+mpi ^mpich
391 ```
392 To check which packages implement `mpi` run
393 ```
394 spack providers mpi
395 ```
396 One can also specify which Blas/Lapack implementation to use. For example to build deal.II suite with `atlas` run
397 ```
398 spack install dealii ^atlas
399 ```
400
401 ### Compiler flags
402 You can specify compiler flags on the command line as
403 ```
404 spack install dealii cppflags="-march=native -O3"
405 ```
406 Note that these flags will be inherited by dependencies such as `petsc`, `trilinos`, etc. Same can be done by declaring these flags in `~/.spack/compilers.yaml`:
407 ```
408 compilers:
409 - compiler:
410     modules: []
411     operating_system: centos6
412     paths:
413       cc: /usr/bin/gcc
414       cxx: /usr/bin/g++
415       f77: /usr/bin/gfortran
416       fc: /usr/bin/gfortran
417     flags:
418       cflags: -O3 -fPIC
419       cxxflags: -O3 -fPIC
420       cppflags: -O3 -fPIC
421     spec: gcc@4.7.2
422 ```
423
424 If you want to use flags for `dealii` only, you can first build all the dependencies without flags and then build `dealii` with custom flags:
425 ```
426 spack install --only dependencies dealii
427 spack install dealii cppflags="-march=native -O3"
428 ```
429
430 See this [google forum topic](https://groups.google.com/forum/?fromgroups#!topic/dealii/3Yjy8CBIrgU) for discussion on which flags to use. You can also use `spack install dealii+optflags` to enable extra optimization flags in release build.
431
432 ### Different versions coexisting:
433 One can easily have slightly different versions of deal.II side-by-side, e.g. to compile development version of deal.II with complex-valued PETSc and `gcc` compiler run
434 ```
435 spack install dealii@develop+mpi+petsc~int64%gcc ^petsc+complex~hypre
436 ```
437 The good thing is that if you already have deal.ii built with real-valued petsc, then only `petsc`, `slepc` and `deal.ii` itself will be rebuild. Everything else (`trilinos`, `mumps`, `metis`, etc) will be reused.
438
439 One can use `environment-modules` (see above) to automatically set `DEAL_II_DIR` to the complex version: 
440 ```
441 spack load dealii@develop+mpi+petsc~int64%gcc ^petsc+complex~hypre
442 ```
443
444 ### Filesystem Views:
445 If you prefer to have the whole dealii suite (and possible something else) symlinked into a single path (like `/usr/local`), one can use [Filesystem Views](http://spack.readthedocs.io/en/latest/workflows.html#filesystem-views):
446 ```
447 spack view -v symlink dealii_suite dealii@develop
448 ```
449 You can also add to this view other packages, i.e.
450 ```
451 spack view -v symlink dealii_suite the-silver-searcher
452 ```
453
454
455 ### Check before build:
456 It is often convenient to check which version of packages, compilers, variants etc will be used before actually starting installation. That can be done by examining the concretized spec via `spack spec` command, e.g. 
457 ```
458 spack spec dealii@develop+mpi+petsc~int64%gcc ^petsc+complex~hypre
459 ```
460
461 The `spec` command has a useful flag `-I` which will show install status of dependencies in the graph.
462
463 ### Develop using Spack
464 Probably the easiest way to use Spack while contributing patches to the deal.II is the following. 
465 Install `deal.II` via Spack, go to its installation prefix and copy-paste the CMake command from `.spack/build.out`, which looks like
466 ```
467 'cmake' '/path/to/spack/var/spack/stage/dealii-develop-tkowxhk55kpi7facfh3ufipofyolt6h7/dealii' '-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=path/to/spack/opt/spack/darwin-sierra-x86_64/clang-8.1.0-apple/dealii-develop-tkowxhk55kpi7facfh3ufipofyolt6h7' '-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=DebugRelease' <more options>
468 ```
469 You would need to adjust the path to the `dea.II` source folder (first path) and should remove the `DCMAKE_INSTALL_PREFIX` as you probably don't want to accidentally override the version installed by Spack. 
470
471 Assuming that your build folder is within the `dealii` sources (tha'ts what `..\/` is for below), you can get this substitution done by
472 ```
473 $ cat $(spack location -i dealii)/.spack/build.out | grep "==> 'cmake'" | sed -e "s/[^ ]*[^ ]/'..\/'/3" | cut -d " " -f2-
474 ```
475
476 Before running `cmake` from the build folder, you may want to run 
477 ```
478 spack env dealii@develop+mpi^openmpi^openblas bash
479 ```
480 to make sure your environment (paths, variables, etc) is set exactly the same way as when compiling `deal.II` from Spack
481 (adjust the spec `dealii@develop+mpi^openmpi^openblas` to be what you use when you installed `deal.II`).
482
483 An alternative is to create a [Filesystem view](#filesystem-views) for an already installed library and then compile patched version of deal.II manually by providing path to the view for each dependency. 
484
485 ### Keep the stage to run unit tests
486 By default, the build folder (aka `stage`) for each package is created in a temporary system dependent location.
487 This gets purge by system on next restart.
488 If you want to keep the stage after the installation, you need to do two things:
489 First, make spack use a custom location for stage by adding the following to your `~/.spack/config.yaml`:
490 ```
491 config:
492   build_stage:
493     - $spack/var/spack/stage
494 ```
495 Second, prescribe an extra argument to `install` command to keep the stage after successful installation:
496 ```
497 spack install --keep-stage dealii@develop
498 ```
499
500 ### MKL and Licensed software
501 Spack supports installation of [licensed software](http://spack.readthedocs.io/en/latest/packaging_guide.html#license) as well as usage of [Licensed compilers](http://spack.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html#licensed-compilers). For example in order to install MKL on Linux:
502
503 1. add `Intel` license file as `license.lic` file to `${SPACK_ROOT}/etc/spack/licenses/intel/`.
504 2. run `spack install dealii ^intel-mkl@11.3.2.210`
505
506 In order to configure Intel compilers see [this page](http://spack.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html#vendor-specific-compiler-configuration).
507
508
509 ### Freeze package versions
510 Currently Spack does not try to re-use already installed packages. On another hand, by default
511 the most recent version of a package will be installed. When updating deal.II build (for example to use the new version of `trilinos`), the combination of the two factors may lead to recompilation of many other packages used in the deal.II suite when one of the main build dependency like `cmake` has a new version.
512
513 To circumvent the problem, the user can specify preferred versions of packages in `~/.spack/packages.yaml`:
514 ```
515 packages:
516   cmake:
517     version: [3.6.1]
518   curl:
519     version: [7.50.3]
520   openssl:
521     version: [1.0.2j]
522   python:
523     version: [2.7.12]
524 ```
525 This settings will be taken into account during conretization process and thus will help to avoid rebuilding most of the deal.II suite when, for example, `openssl` is updated to the new version.
526
527 ## Known issues using Spack:
528
529 ### Incompatible CMake versions
530
531 At the moment there is an incompatibility between deal.II and `cmake` with version 3.10 and greater.
532 To install deal.II using an earlier version of `cmake`, either use the `packages.yaml` file to freeze `cmake` to an earlier version, or specify the version at install time, e.g.
533 ```
534 spack install dealii^cmake@3.9.4
535 ```

In the beginning the Universe was created. This has made a lot of people very angry and has been widely regarded as a bad move.

Douglas Adams


Typeset in Trocchi and Trocchi Bold Sans Serif.