switch to 2018 intel
[dealii.wiki.git] / deal.II-in-Spack.md
1 Table of Contents
2 =================
3
4    * [Using deal.II on Mac OS X and Linux via Spack](#using-dealii-on-mac-os-x-and-linux-via-spack)
5       * [Quick installation on the desktop](#quick-installation-on-the-desktop)
6       * [Installation example on a Centos7 cluster (Emmy cluster of RRZE, Erlangen, Germany)](#installation-example-on-a-centos7-cluster-emmy-cluster-of-rrze-erlangen-germany)
7       * [Enabling CUDA](#enabling-cuda)
8       * [Environment Modules](#environment-modules)
9       * [System provided packages](#system-provided-packages)
10       * [Installing GCC](#installing-gcc)
11       * [Best practices using Spack:](#best-practices-using-spack)
12          * [Info:](#info)
13          * [Extra options:](#extra-options)
14          * [Compiler flags](#compiler-flags)
15          * [Different versions coexisting:](#different-versions-coexisting)
16          * [Filesystem Views:](#filesystem-views)
17          * [Check before build:](#check-before-build)
18          * [Develop using Spack](#develop-using-spack)
19          * [Keep the stage to run unit tests](#keep-the-stage-to-run-unit-tests)
20          * [MKL and Licensed software](#mkl-and-licensed-software)
21          * [Freeze package versions](#freeze-package-versions)
22       * [Known issues using Spack:](#known-issues-using-spack)
23
24 # Using deal.II on Mac OS X and Linux via Spack
25
26 The deal.II suite is also available on Spack (https://github.com/LLNL/spack) -- a flexible package manager developed with High-Performance-Computing in mind. It is intended to let you build for many combinations of compiler, architectures, dependency libraries, and build configurations, all with a friendly, intuitive user interface.
27
28 For a quick overview of Spack's features, we recommend this short presentation https://tgamblin.github.io/files/Gamblin-Spack-SC15-Talk.pdf
29 or the following videos from lead developers:
30 [Massimiliano Culpo - SPACK: A Package Manager for Supercomputers, Linux and MacOS](https://www.youtube.com/watch?v=Qok-nXfIWfg) and 
31 [Todd Gamblin (LLNL) - Managing HPC Software Complexity with Spack](https://www.youtube.com/watch?v=Ie1cZTR09kk).
32
33 [Spack tutorial 101](http://spack.readthedocs.io/en/latest/tutorial.html) is good place to start as well.
34
35 Note: Spack is in active development and is in alpha state, thereby below we recommend using the specific snapshot of the code (hash), that was tested on macOS / Ubuntu / CentOS7 with deal.II and is being used to run the complete testsuite on `Unbutu18.04` with `openmpi` and `openblas`. See [Continuous section of CDash](https://cdash.kyomu.43-1.org/index.php?project=deal.II).
36
37 ## Quick installation on the desktop
38
39 Add the following to `~/.bashrc` (or equivalent)
40 ```
41 export SPACK_ROOT=/path/to/spack
42 export PATH="$SPACK_ROOT/bin:$PATH"
43 ```
44 `SPACK_ROOT` is the destination where you want Spack to be installed (i.e. `$HOME/spack`).
45
46 Now clone Spack
47 ```
48 cd $SPACK_ROOT
49 git clone https://github.com/spack/spack.git .
50 git checkout develop
51 git reset --hard 99f678035a279cf85a32a4fdbd98a117b9c1832f
52 ```
53
54 **Make sure C/C++/Fortran compilers are in path** (on Ubuntu you need to `sudo apt-get install gfortran`, on macOS you can compile `gcc` with spack, see [below](#installing-gcc), and you have **curl** (`sudo apt-get install curl`) to download packages. Then install the complete deal.II suite
55 ```
56 spack install --test=root dealii
57 ```
58 **DONE**! No extra (preliminary) configuration steps are needed on most Linux distributions. **IMPORTANT:** If you compile deal.II on a cluster, see the next section on how to use externally provided MPI implementation instead.
59 Additional option `--test=root` instructs Spack to run quick tests for `dealii`.
60
61 Before configuring your project you need to set `DEAL_II_DIR` by 
62 ```
63 export DEAL_II_DIR=$(spack location -i dealii)
64 ```
65 You may jump ahead and read [best practices using spack](#best-practices-using-spack). Also a good starting point is [Getting Started Guide](http://spack.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html).
66
67
68 ## Installation example on a Centos7 cluster (Emmy cluster of RRZE, Erlangen, Germany)
69 In order to use Spack on a cluster, there are two options: (1) you are a sysadmin and you know hardware details and can use Spack to properly configure and build MPI providers (e.g. `openmpi`); (2) you are a user and you need to make Spack work with MPI provided on your cluster. Below we consider the latter case.
70
71 Here is a brief step-by-step instruction to install deal.II on [Emmy cluster](https://www.rrze.fau.de/dienste/arbeiten-rechnen/hpc/systeme/emmy-cluster.shtml#access) of RRZE, Erlangen, Germany:
72
73 (1) Download spack
74 ```
75 module load git
76 mkdir $WOODYHOME/spack
77 cd $WOODYHOME/spack
78 git clone https://github.com/spack/spack.git $WOODYHOME/spack
79 git reset --hard 99f678035a279cf85a32a4fdbd98a117b9c1832f
80 export PATH=$WOODYHOME/spack/bin:$PATH
81 ```
82 (2) Load `openmpi` and let Spack find GCC compiler which is also loaded as a dependency:
83 ```
84 module load openmpi/2.0.2-gcc
85 spack compiler find
86 ```
87 (3) Add `openmpi` as an external package, along with `python` and a few other self explanatory setting for `deal.ii`. That is done by adding the following to `~/.spack/linux/packages.yaml`
88 ```
89 packages:
90   all:
91     compiler: [gcc]
92     providers:
93       mpi: [openmpi]
94       blas: [openblas]
95       lapack: [openblas]
96   openmpi:
97     version: [2.0.2]
98     paths:
99       openmpi@2.0.2%gcc@4.8.5: /apps/OpenMPI/2.0.2-gcc/
100     buildable: False
101   suite-sparse:
102     version: [5.1.0]
103   dealii:
104     variants: +optflags~python
105 ```
106 Those paths are the location where external packages can be found (i.e. `<prefix>` instead of `<prefix>/bin` or `<prefix>/lib`). `providers` section essentially tells Spack which packages to use to satisfy virtual dependencies such as `MPI`, `BLAS`, `LAPACK`, `ScaLAPACK`, etc. Here we also limit version of `suite-sparse` to `5.1.0` as we build with `gcc@4.8.5` whereas `5.2.0` requires at least `gcc@4.9`. 
107
108 (4) Now install deal.II:  `spack install dealii`.
109
110 (5) Here is an alternative setup with Intel compilers. Run `module load intel64/18.0up02` followed by `spack compiler find`. You should get the following new entry in `~/.spack/linux/compilers.yaml`:
111 ```
112 - compiler:
113     environment: {}
114     extra_rpaths: []
115     flags: {}
116     modules: []
117     operating_system: centos7
118     paths:
119       cc: /apps/intel/ComposerXE2018/compilers_and_libraries_2018.2.199/linux/bin/intel64/icc
120       cxx: /apps/intel/ComposerXE2018/compilers_and_libraries_2018.2.199/linux/bin/intel64/icpc
121       f77: /apps/intel/ComposerXE2018/compilers_and_libraries_2018.2.199/linux/bin/intel64/ifort
122       fc: /apps/intel/ComposerXE2018/compilers_and_libraries_2018.2.199/linux/bin/intel64/ifort
123     spec: intel@18.0.2
124     target: x86_64
125 ```
126 Edit it to set environment variable (with license) and extra rpaths:
127 ```
128     environment:
129       set:
130         INTEL_LICENSE_FILE: 1713@license4
131     extra_rpaths: # take from echo $LIBRARY_PATH
132      - /apps/intel/ComposerXE2018/compilers_and_libraries_2018.2.199/linux/ipp/lib/intel64
133      - /apps/intel/ComposerXE2018/compilers_and_libraries_2018.2.199/linux/compiler/lib/intel64_lin
134 ```
135 Then add to `~/.spack/linux/packages.yaml` paths to `intel-mpi` as well as `cmake` which currently does not build with `Intel`:
136 ```
137   intel-mpi:
138     version: [2018.2.199]
139     paths:
140       intel-mpi@2018.2.199%intel@18.0.2: /apps/intel/ComposerXE2018/
141     buildable: False
142   intel-mkl:
143     version: [2018.2.199]
144     paths:
145       intel-mkl@2018.2.199%intel@18.0.2: /apps/intel/ComposerXE2018/
146     buildable: False
147   cmake:
148     version: [3.6.0]
149     paths:
150       cmake@3.6.0%intel@17.0.5: /apps/cmake/3.6.0/
151     buildable: False
152 ```
153 Finally install dealii 
154 ```
155 spack install dealii%intel~assimp~petsc~slepc~scalapack+mpi+trilinos~int64~cuda^intel-mpi^intel-mkl^trilinos~mumps
156 ```
157 Note that `%intel` specified the compiler whereas `^intel-mpi` and `^intel-mkl` specified which implementation of MPI and BLAS/LAPACK we want to use. Here we also disabled few other packages that have issues building with `Intel` compilers.
158
159 See [this discussion](https://groups.google.com/d/msg/spack/NxyNTAZyMQg/Klu2CHR8GQAJ) on more info about using Intel compilers in Spack.
160
161
162 ## Enabling CUDA
163 You can build the current development version of `dealii` with CUDA. A possible configuration of `packages.yaml` is
164 ```
165 packages:
166  dealii:
167   version: ['develop']
168   variants: +cuda cuda_arch=52
169  cuda:
170   version: ['8.0.61']
171 ```
172 where we specified explicitly CUDA architecture as well as version of `cuda` to be used.
173
174 ## Environment Modules
175 Spack provides some integration with Environment Modules and Dotkit to make it easier to use the packages it installs. For a full description, read http://spack.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html#environment-modules
176
177 To add the support for Environment Modules run
178 ```
179 spack install environment-modules
180 ```
181 Get the path to the prefix of `environment-modules` by:
182 ```
183 spack location --install-dir environment-modules
184 ```
185 and then add to `~/.bashrc` (or equivalent)
186 ```
187 MODULES_HOME=/path/to/environment-modules
188 source ${MODULES_HOME}/Modules/init/bash
189 . $SPACK_ROOT/share/spack/setup-env.sh
190 ```
191
192 If you install `deal.II` before setting up environment modules,
193 the module files have to be regenerated
194 ```
195 spack module refresh
196 ```
197
198 Then run
199 ```
200 spack load dealii
201 spack load cmake
202 ```
203 Now `DEAL_II_DIR` environment variable should be set appropriately and `cmake` executable will be available in path. Keep in mind that `spack load dealii` will also set `LD_LIBRARY_PATH` accordingly, this may or may not be what you need. An alternative is to use `export DEAL_II_DIR=$(spack location -i dealii)`.
204
205 ## System provided packages
206 Spack is flexible to use both self-compiled and system provided packages. 
207 In most cases this is desirable for `MPI`, which is already installed on computational clusters. To configure external packages you need to edit `~/.spack/linux/packages.yaml`. For `openmpi` this could be
208 ```
209 packages:
210   openmpi:
211     version: [1.8.8]
212     paths:
213       openmpi@1.8.8%gcc@6.2.0: /opt/openmpi-1.8.8
214     buildable: False
215 ```
216 In order to make sure that we use to build packages `1.8.8` version of `openmpi` and not the most recent one (i.e. `2.0.2`), we specified conretization preferences with `version: [1.8.8]`.
217
218 One can also specify which packages should be used to provide `mpi`, `blas/lapack` , preferred compilers and preferred variants:
219 ```
220 packages:
221   all:
222     compiler: [gcc,clang]
223     providers:
224       mpi: [openmpi]
225       blas: [openblas]
226       lapack: [openblas]
227     boost:
228       variants: +python
229 ```
230
231 For more elaborated discussion, see [Configuration Files in Spack](http://spack.readthedocs.io/en/latest/configuration.html).
232
233 ## Installing GCC
234 If your system does not provide any Fortran compiler or you want to have the most recent `gcc`,
235 you can install it by
236 ```
237 spack install gcc
238 ```
239
240 Assuming that you configured [Environment Modules](#environment-modules), load `gcc` and let Spack find the newly installed compilers:
241 ```
242 spack load gcc
243 spack compiler find
244 ```
245 Now you can install deal.II with `gcc`
246 ```
247 spack install dealii%gcc
248 ```
249
250 If you are on the mac, read the following instructions on [Mixed Toolchains](http://spack.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html#mixed-toolchains).
251
252 On following these instructions, you will be able to install deal.II with clang+gfortran
253 ```
254 spack install dealii%clang
255 ```
256
257 ## Best practices using Spack:
258
259 Spack is complicated and flexible package manager primarily aimed at High-Performance-Computing.
260 Below are some examples of using Spack to build and develop deal.II:
261
262 ### Info:
263 If you are not sure which options a given package has, simply run
264 ```
265 spack info <package>
266 ```
267 The output will contain available versions, variants, dependencies and description:
268 ```
269 $ spack info dealii
270 CMakePackage:   dealii
271
272 Description:
273     C++ software library providing well-documented tools to build finite
274     element codes for a broad variety of PDEs.
275
276 Homepage: https://www.dealii.org
277
278 Preferred version:  
279     8.5.1      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.5.1/dealii-8.5.1.tar.gz
280
281 Safe versions:  
282     develop    [git] https://github.com/dealii/dealii.git
283     8.5.1      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.5.1/dealii-8.5.1.tar.gz
284     8.5.0      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.5.0/dealii-8.5.0.tar.gz
285     8.4.2      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.4.2/dealii-8.4.2.tar.gz
286     8.4.1      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.4.1/dealii-8.4.1.tar.gz
287     8.4.0      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.4.0/dealii-8.4.0.tar.gz
288     8.3.0      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.3.0/dealii-8.3.0.tar.gz
289     8.2.1      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.2.1/dealii-8.2.1.tar.gz
290     8.1.0      https://github.com/dealii/dealii/releases/download/v8.1.0/dealii-8.1.0.tar.gz
291
292 Variants:
293     Name [Default]               Allowed values          Description
294
295
296     adol-c [off]                 True, False             Compile with Adol-c
297     arpack [on]                  True, False             Compile with Arpack and
298                                                          PArpack (only with MPI)
299     build_type [DebugRelease]    Debug, Release,         The build type to build
300                                  DebugRelease            
301     doc [off]                    True, False             Compile with documentation
302     gsl [on]                     True, False             Compile with GSL
303     hdf5 [on]                    True, False             Compile with HDF5 (only with
304                                                          MPI)
305     int64 [off]                  True, False             Compile with 64 bit indices
306                                                          support
307     metis [on]                   True, False             Compile with Metis
308     mpi [on]                     True, False             Compile with MPI
309     nanoflann [off]              True, False             Compile with Nanoflann
310     netcdf [on]                  True, False             Compile with Netcdf (only with
311                                                          MPI)
312     oce [on]                     True, False             Compile with OCE
313     optflags [off]               True, False             Compile using additional
314                                                          optimization flags
315     p4est [on]                   True, False             Compile with P4est (only with
316                                                          MPI)
317     petsc [on]                   True, False             Compile with Petsc (only with
318                                                          MPI)
319     python [on]                  True, False             Compile with Python bindings
320     slepc [on]                   True, False             Compile with Slepc (only with
321                                                          Petsc and MPI)
322     sundials [off]               True, False             Compile with Sundials
323     trilinos [on]                True, False             Compile with Trilinos (only
324                                                          with MPI)
325
326 Installation Phases:
327     cmake    build    install
328
329 Build Dependencies:
330     adol-c     cmake     hdf5     muparser    oce     slepc         trilinos
331     arpack-ng  doxygen   lapack   nanoflann   p4set   suite-sparse  zlib
332     blas       graphivz  metis    netcdf      petsc   sundials      
333     boost      gsl       mpi      netcdf-cxx  python  tbb
334
335 Link Dependencies:
336     adol-c     doxygen   lapack   nanoflann   p4est   suite-sparse  zlib
337     arpack-ng  graphviz  metis    netcdf      petsc   sundials      
338     blas       graphviz  mpi      netcdf-cxx  python  tbb
339     boost      hdf5      muparser oce         slepc   trilinos
340
341 Run Dependencies:
342     None
343
344 Virtual Packages: 
345     None
346 ```
347
348 A lot of `spack` commands have help, for example
349 ```
350 $ spack install -h
351 usage: spack install [-h] [--only {package,dependencies}] [-j JOBS]
352                      [--keep-prefix] [--keep-stage] [--restage] [-n] [-v]
353                      [--fake] [-f] [--clean | --dirty] [--run-tests]
354                      [--log-format {junit}] [--log-file LOG_FILE]
355                      ...
356
357 build and install packages
358
359 positional arguments:
360   package               spec of the package to install
361
362 optional arguments:
363   -h, --help            show this help message and exit
364   --only {package,dependencies}
365                         select the mode of installation. the default is to
366                         install the package along with all its dependencies.
367                         alternatively one can decide to install only the
368                         package or only the dependencies
369   -j JOBS, --jobs JOBS  explicitly set number of make jobs. default is #cpus
370   --keep-prefix         don't remove the install prefix if installation fails
371   --keep-stage          don't remove the build stage if installation succeeds
372   --restage             if a partial install is detected, delete prior state
373   -n, --no-checksum     do not check packages against checksum
374   -v, --verbose         display verbose build output while installing
375   --fake                fake install. just remove prefix and create a fake
376                         file
377   -f, --file            install from file. Read specs to install from .yaml
378                         files
379   --clean               clean environment before installing package
380   --dirty               do NOT clean environment before installing
381   --run-tests           run package level tests during installation
382   --log-format {junit}  format to be used for log files
383   --log-file LOG_FILE   filename for the log file. if not passed a default
384                         will be used
385 ```
386
387 ### Extra options:
388 One can specify extra options for packages in the deal.II suite. For example if you want to have boost with `python` module, this can be done by
389 ```
390 spack install dealii@develop+mpi~python ^boost+python
391 ```
392
393 If you want to specify blas/lapack/mpi implementations, this can be done similarly
394 ```
395 spack install dealii@develop+mpi ^mpich
396 ```
397 To check which packages implement `mpi` run
398 ```
399 spack providers mpi
400 ```
401 One can also specify which Blas/Lapack implementation to use. For example to build deal.II suite with `atlas` run
402 ```
403 spack install dealii ^atlas
404 ```
405
406 ### Compiler flags
407 You can specify compiler flags on the command line as
408 ```
409 spack install dealii cppflags="-march=native -O3"
410 ```
411 Note that these flags will be inherited by dependencies such as `petsc`, `trilinos`, etc. Same can be done by declaring these flags in `~/.spack/compilers.yaml`:
412 ```
413 compilers:
414 - compiler:
415     modules: []
416     operating_system: centos6
417     paths:
418       cc: /usr/bin/gcc
419       cxx: /usr/bin/g++
420       f77: /usr/bin/gfortran
421       fc: /usr/bin/gfortran
422     flags:
423       cflags: -O3 -fPIC
424       cxxflags: -O3 -fPIC
425       cppflags: -O3 -fPIC
426     spec: gcc@4.7.2
427 ```
428
429 See this [google forum topic](https://groups.google.com/forum/?fromgroups#!topic/dealii/3Yjy8CBIrgU) for discussion on which flags to use. You can also use `spack install dealii+optflags` to enable extra optimization flags in release build.
430
431 ### Different versions coexisting:
432 One can easily have slightly different versions of deal.II side-by-side, e.g. to compile development version of deal.II with complex-valued PETSc and `gcc` compiler run
433 ```
434 spack install dealii@develop+mpi+petsc~int64%gcc ^petsc+complex~hypre
435 ```
436 The good thing is that if you already have deal.ii built with real-valued petsc, then only `petsc`, `slepc` and `deal.ii` itself will be rebuild. Everything else (`trilinos`, `mumps`, `metis`, etc) will be reused.
437
438 One can use `environment-modules` (see above) to automatically set `DEAL_II_DIR` to the complex version: 
439 ```
440 spack load dealii@develop+mpi+petsc~int64%gcc ^petsc+complex~hypre
441 ```
442
443 ### Filesystem Views:
444 If you prefer to have the whole dealii suite (and possible something else) symlinked into a single path (like `/usr/local`), one can use [Filesystem Views](http://spack.readthedocs.io/en/latest/workflows.html#filesystem-views):
445 ```
446 spack view -v symlink dealii_suite dealii@develop
447 ```
448 You can also add to this view other packages, i.e.
449 ```
450 spack view -v symlink dealii_suite the-silver-searcher
451 ```
452
453
454 ### Check before build:
455 It is often convenient to check which version of packages, compilers, variants etc will be used before actually starting installation. That can be done by examining the concretized spec via `spack spec` command, e.g. 
456 ```
457 spack spec dealii@develop+mpi+petsc~int64%gcc ^petsc+complex~hypre
458 ```
459
460 The `spec` command has a useful flag `-I` which will show install status of dependencies in the graph.
461
462 ### Develop using Spack
463 Probably the easiest way to use Spack while contributing patches to the deal.II is the following. 
464 Install `deal.II` via Spack, go to its installation prefix and copy-paste the CMake command from `.spack/build.out`, which looks like
465 ```
466 'cmake' '/path/to/spack/var/spack/stage/dealii-develop-tkowxhk55kpi7facfh3ufipofyolt6h7/dealii' '-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=path/to/spack/opt/spack/darwin-sierra-x86_64/clang-8.1.0-apple/dealii-develop-tkowxhk55kpi7facfh3ufipofyolt6h7' '-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=DebugRelease' <more options>
467 ```
468 You would need to adjust the path to the `dea.II` source folder (first path) and should remove the `DCMAKE_INSTALL_PREFIX` as you probably don't want to accidentally override the version installed by Spack. 
469
470 Assuming that your build folder is within the `dealii` sources (tha'ts what `..\/` is for below), you can get this substitution done by
471 ```
472 $ cat $(spack location -i dealii)/.spack/build.out | grep "==> 'cmake'" | sed -e "s/[^ ]*[^ ]/'..\/'/3" | cut -d " " -f2-
473 ```
474
475 Before running `cmake` from the build folder, you may want to run 
476 ```
477 spack env dealii@develop+mpi^openmpi^openblas bash
478 ```
479 to make sure your environment (paths, variables, etc) is set exactly the same way as when compiling `deal.II` from Spack
480 (adjust the spec `dealii@develop+mpi^openmpi^openblas` to be what you use when you installed `deal.II`).
481
482 An alternative is to create a [Filesystem view](#filesystem-views) for an already installed library and then compile patched version of deal.II manually by providing path to the view for each dependency. 
483
484 ### Keep the stage to run unit tests
485 By default, the build folder (aka `stage`) for each package is created in a temporary system dependent location.
486 This gets purge by system on next restart.
487 If you want to keep the stage after the installation, you need to do two things:
488 First, make spack use a custom location for stage by adding the following to your `~/.spack/config.yaml`:
489 ```
490 config:
491   build_stage:
492     - $spack/var/spack/stage
493 ```
494 Second, prescribe an extra argument to `install` command to keep the stage after successful installation:
495 ```
496 spack install --keep-stage dealii@develop
497 ```
498
499 ### MKL and Licensed software
500 Spack supports installation of [licensed software](http://spack.readthedocs.io/en/latest/packaging_guide.html#license) as well as usage of [Licensed compilers](http://spack.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html#licensed-compilers). For example in order to install MKL on Linux:
501
502 1. add `Intel` license file as `license.lic` file to `${SPACK_ROOT}/etc/spack/licenses/intel/`.
503 2. run `spack install dealii ^intel-mkl@11.3.2.210`
504
505 In order to configure Intel compilers see [this page](http://spack.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html#vendor-specific-compiler-configuration).
506
507
508 ### Freeze package versions
509 Currently Spack does not try to re-use already installed packages. On another hand, by default
510 the most recent version of a package will be installed. When updating deal.II build (for example to use the new version of `trilinos`), the combination of the two factors may lead to recompilation of many other packages used in the deal.II suite when one of the main build dependency like `cmake` has a new version.
511
512 To circumvent the problem, the user can specify preferred versions of packages in `~/.spack/packages.yaml`:
513 ```
514 packages:
515   cmake:
516     version: [3.6.1]
517   curl:
518     version: [7.50.3]
519   openssl:
520     version: [1.0.2j]
521   python:
522     version: [2.7.12]
523 ```
524 This settings will be taken into account during conretization process and thus will help to avoid rebuilding most of the deal.II suite when, for example, `openssl` is updated to the new version.
525
526 ## Known issues using Spack:
527
528 ### Incompatible CMake versions
529
530 At the moment there is an incompatibility between deal.II and `cmake` with version 3.10 and greater.
531 To install deal.II using an earlier version of `cmake`, either use the `packages.yaml` file to freeze `cmake` to an earlier version, or specify the version at install time, e.g.
532 ```
533 spack install dealii^cmake@3.9.4
534 ```

In the beginning the Universe was created. This has made a lot of people very angry and has been widely regarded as a bad move.

Douglas Adams


Typeset in Trocchi and Trocchi Bold Sans Serif.