minor rearrangement of text
[dealii.wiki.git] / MacOSX.md
1 # Using deal.II on Mac OS X
2
3 <!-- No auto-Table of Contents support! -->
4
5 ## Installing the prepacked image file
6
7 The easiest way to install dealII on Mac OS X is by downloading the prepackaged `.dmg` file from the download page. Simply download and drag the `deal.II.app` to the `/Applications/` folder.
8
9 The application is only a launcher for the `Terminal.app` application, which sets all required variables for deal.II to work correctly on your system.
10
11 The examples are in the folder
12
13         /Applications/deal.II.app/Contents/Resources/examples/
14
15 This application is always built with the latest version of the MacOS X operating system, and with the latest version of XCode. See instructions below to make sure your system is compatible with the binary application.
16
17 ## Detailed instructions:
18
19 1. Install xcode from the app store. You might need to install the command line tools. Open a terminal and make sure "clang --version" does not report "command not found". You might need to run
20
21         xcode-select --install
22
23     to install the tools.
24 2. Install cmake if you don't have it (check by typing "cmake" in terminal). To do so got to http://www.cmake.org/download/ and download the Mac OSX binary .dmg, then open the .dmg and drag cmake into "applications".
25 3. Download the latest .dmg of deal.II from https://www.dealii.org/download.html and drag it into "applications".
26 4. You should now have cmake and deal.II in your "applications" in finder. Opening the deal.II app will give you a terminal you can use to compile deal.II applications. The library is installed under ```/Applications/deal.II.app/Contents/Resources```
27 NOTE: If you can not run the app because it is from an "unidentified developer", go to "Applications" in "Finder", ctrl+click on the deal.II app and select "Open".
28 5. Set up your bash profile. Open a terminal and type "touch .profile;open .profile". In the editor add the following line to the file:
29
30         export PATH=/Applications/CMake.app/Contents/bin:$PATH
31
32 6. done.
33
34
35 # Instructions for Mac 10.9 Users, Deal.II ver. 8.0 or later (current trunk)
36
37 From Mac OS 10.9 onwards, Apple changed quite a few things in their developer tools. You should install XCode 5 **and** its command line tools. If you only do this, however, the installer  will not populate /usr/lib and /usr/include as it used to do, since from Mac OS 10.9, they decided that everything should be self contained in specific SDK directories. If you want to have the standard locations populated (to have, among others, zlib.h, etc.) you should also run the following command:
38   
39 ```sh
40 xcode-select --install
41 ```
42
43 which will download and install a lot of useful things for us.
44
45 If you decide to compile everything yourself, you should follow the instructions below. Otherwise we provide a useful package containing all precompiled libraries for the full optional deal.II under the Downloads section of this site.
46
47 # Simple instructions for Mac 10.8 Users, Deal.II ver. 8.1
48
49 Here are instructions for a minimal deal.II installation (without other packages):
50   1. Install XCode
51   1. Install XCode "command line tools" (you can find them under preferences->Downloads->Components).
52   1. Install cmake (download Mac OSX 64/32-bit Universal .dmg file, click to install, hit "install links into /local/bin")
53   1. Test that cmake works by running "cmake --version" in a terminal
54   1. Now proceed as explained in the deal.II readme (download the .tar.gz, extract using "tar xf deal.II-8.1.0.tar.gz", create build directory, cd into it)
55   1. You may need to overwrite the cxx compiler by calling:
56       cmake -D CMAKE_CXX_COMPILER=clang++ ..
57   1. Now proceed with "make install" and "make test"
58
59
60 # Instructions for Mac 10.8 Users, Deal.II ver. 8.0 or later (current trunk)
61
62 Recent Mac Versions come with Apple own version of gcc and clang compilers. They are both based on LLVM backend, but they behave slightly differently. 
63
64 **If you want to use deal.II in conjunction with Trilinos, then you should install the macports compiler gcc47**.
65
66 Step by step instructions (Working on Mac OS 10.8.8 and XCode 4.6.2): 
67
68   1. Install XCode
69   1. Install XCode "command line Tools" (you can find them under preferences->Downloads->Components).
70   1. (**only if you want to use also Trilinos**) Install macports (http://www.macports.org/)
71   1. Install gcc47
72 ```
73 sudo port install gcc47
74 ```
75   1. **Optional**: install all additional packages you might want to use with `deal.II`. For example:
76 ```
77 sudo port install arpack +gcc47 
78 sudo port install tbb +gcc47
79 sudo port install netcdf +gcc47
80 sudo port install boost +gcc47
81 sudo port install suitesparse +gcc47
82 sudo port install metis +gcc47
83 sudo port install qt4-mac +gcc47
84 ```
85
86 The openmpi package that comes with macports will not work properly with Trilinos. You should install it from scratch if you want mpi support.
87
88 I have customised my profile file in order to allow me to switch from one compiler to another in a relatively easy way, maintaining a reasonable structure in the libraries that I install, without the need to recompile everything when I change my mind. I try to use the same compiler for all the libraries I use, and to keep copies around of the compiled libraries in order to have a "backup plan" when things go wrong with my own deal.II experiments...
89
90 I usually keep all source files under the same directory (`$SRC`), build in subdirectories (`$SRC/library-name/$TYPE`) of the source directories, and install in separate "destination" directories (`$DST/library-name-$TYPE`). Of  course this is my personal taste. You can easily change this below....
91
92 At the end of your `~/.profile` file, add the following lines:
93 ```
94 # Available compilers: native, gcc, openmpi
95 . ~/.profile-libs gcc
96 ```
97
98 Create the file `~/.profile-libs`, which will accept a command line argument specifying the compiler to use:
99 ```sh
100 # TYPE is the first argument 
101 TYPE=$1
102
103 # Versions of the external libraries we want to compile/install
104 TRILINOS_VER=11.0.3
105 P4EST_VER=0.3.4
106
107 # Where source directories and install destination should be.
108 SRC=~/libs_src
109 DST=~/libs
110
111 # Change the following to suite your own system
112 case "$TYPE" in
113 native)
114     export CC=/usr/bin/clang
115     export CXX=/usr/bin/clang++
116     export USE_MPI=OFF
117     ;;
118 gcc)
119     export CC=/opt/local/bin/gcc-mp-4.7 
120     export CXX=/opt/local/bin/g++-mp-4.7 
121     export USE_MPI=OFF
122     ;;
123 openmpi)
124     export CC=/usr/local/bin/mpicc
125     export CXX=/usr/local/bin/mpic++
126     export USE_MPI=ON
127     ;;
128 esac
129
130 export DEAL_II_SRC=$SRC/deal.II
131 export P4EST_SRC=$SRC/p4est-$P4EST_VER
132 export TRILINOS_SRC=$SRC/trilinos-$TRILINOS_VER-Source
133
134 export DEAL_II_BUILD=$DEAL_II_SRC/$TYPE
135 export TRILINOS_BUILD=$TRILINOS_SRC/$TYPE
136 export P4EST_BUILD=$P4EST_SRC/$TYPE
137
138 export DEAL_II_DIR=$DST/deal.II-$TYPE
139 export P4EST_DIR=$DST/p4est-$P4EST_VER-$TYPE
140 export TRILINOS_DIR=$DST/trilinos-$TRILINOS_VER-$TYPE
141
142 export DYLD_LIBRARY_PATH=$TRILINOS_DIR/lib
143
144 ```
145
146 This assumes you have downloaded all your packages under `$SRC`, and that you are installing them under `$DST`. Change these to your liking. 
147
148 ## Trilinos 11.0.3
149
150 Once the above environment variables are set, you can install Trilinos using the following script:
151
152 ### trilinos.sh
153
154 ```sh
155 EXTRA_ARGS=$@
156
157 if [ ! -d "$TRILINOS_BUILD" ]; then
158         mkdir $TRILINOS_BUILD
159 fi
160 cd  $TRILINOS_BUILD
161
162 cmake \
163 -D TrilinosFramework_ENABLE_MPI:BOOL=$USE_MPI \
164 -D CMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=$TRILINOS_DIR \
165 -D TPL_ENABLE_MPI:BOOL=$USE_MPI \
166 -D BUILD_SHARED_LIBS:BOOL=ON \
167 -D CMAKE_BUILD_TYPE:STRING=RELEASE \
168 -D Trilinos_ENABLE_Fortran:BOOL=OFF \
169 -D Trilinos_WARNINGS_AS_ERRORS_FLAGS:STRING="" \
170 -D CMAKE_VERBOSE_MAKEFILE:BOOL=TRUE \
171 -D Trilinos_ENABLE_TESTS:BOOL=OFF \
172 -D Trilinos_ENABLE_ALL_PACKAGES:BOOL=OFF \
173 -D Trilinos_ENABLE_ALL_OPTIONAL_PACKAGES:BOOL=ON \
174 -D Trilinos_ENABLE_Epetra:BOOL=ON \
175 -D Trilinos_ENABLE_EpetraExt:BOOL=ON \
176 -D Trilinos_ENABLE_Tpetra:BOOL=ON \
177 -D Trilinos_ENABLE_Jpetra:BOOL=ON \
178 -D Trilinos_ENABLE_Kokkos:BOOL=ON \
179 -D Trilinos_ENABLE_Sacado:BOOL=ON \
180 -D Trilinos_ENABLE_Amesos:BOOL=ON \
181 -D Trilinos_ENABLE_AztecOO:BOOL=ON \
182 -D Trilinos_ENABLE_Ifpack:BOOL=ON \
183 -D Trilinos_ENABLE_Teuchos:BOOL=ON \
184 -D Trilinos_ENABLE_Rythmos:BOOL=ON \
185 -D Trilinos_ENABLE_Piro:BOOL=ON \
186 -D Trilinos_ENABLE_MOOCHO:BOOL=ON \
187 -D Trilinos_ENABLE_ML:BOOL=ON \
188 -D Trilinos_ENABLE_Thyra:BOOL=ON \
189 -D Trilinos_ENABLE_TrilinosCouplings:BOOL=ON \
190 $EXTRA_ARGS \
191 ../
192
193 make -j2 install
194 ```
195
196 ## p4est
197
198 The following script will install p4est. It has been modified from the file `doc/p4est-setup.sh` in the p4est distribution, to use the variables which where set in the environment.
199
200 ### p4est.sh
201
202 ```sh
203 #! /bin/bash
204
205 # This program comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
206
207 UNPACK=$P4EST_SRC
208
209 # choose names for fast and debug compilation directories
210 BUILD_DIR="$P4EST_BUILD"
211 BUILD_FAST="$BUILD_DIR/FAST"
212 BUILD_DEBUG="$BUILD_DIR/DEBUG"
213
214 function busage() {
215         echo "Usage: `basename $0` <p4est_tar.gz_file> [location>](<install)"
216 }
217 function bdie () {
218         echo "Error: $@"
219         exit 1
220 }
221
222
223 if test -z "$CFLAGS" -a -z "$P4EST_CFLAGS_FAST" ; then
224         export CFLAGS_FAST="-O2"
225 else
226         export CFLAGS_FAST="$CFLAGS $P4EST_CFLAGS_FAST"
227 fi
228 echo "CFLAGS_FAST: $CFLAGS_FAST"
229 if test -z "$CFLAGS" -a -z "$P4EST_CFLAGS_DEBUG" ; then
230         export CFLAGS_DEBUG="-O0 -g"
231 else
232         export CFLAGS_DEBUG="$CFLAGS $P4EST_CFLAGS_DEBUG"
233 fi
234 echo "CFLAGS_DEBUG: $CFLAGS_DEBUG"
235
236 # choose names for fast and debug installation directories
237 INSTALL_DIR="$P4EST_DIR"
238 INSTALL_FAST="$INSTALL_DIR/FAST"
239 INSTALL_DEBUG="$INSTALL_DIR/DEBUG"
240
241 echo
242 echo "This script tries to unpack, configure and build the p4est library."
243 echo "Build FAST: $BUILD_FAST"
244 echo "Build DEBUG: $BUILD_DEBUG"
245 echo "Install FAST: $INSTALL_FAST"
246 echo "Install DEBUG: $INSTALL_DEBUG"
247 echo "Checking environment: CFLAGS P4EST_CFLAGS_FAST P4EST_CFLAGS_DEBUG"
248
249 # remove old versions
250 if test -d "$BUILD_DIR" ; then
251         rm -rf "$BUILD_DIR"
252 fi
253
254 test -f "$UNPACK/src/p4est.h" || bdie "Main header file missing"
255 test -f "$UNPACK/configure" || bdie "Configure script missing"
256
257 echo "See output in files .../config.output and .../make.output"
258 echo
259 echo "Build FAST version in $BUILD_FAST"
260 mkdir -p "$BUILD_FAST"
261 cd "$BUILD_FAST"
262
263 if [ "$USE_MPI" == "ON" ]; then
264     ENABLE_MPI=--enable-mpi
265 else
266     ENABLE_MPI=""
267 fi
268
269 "$UNPACK/configure" $ENABLE_MPI --enable-shared \
270         --disable-vtk-binary --with-blas \
271         --prefix="$INSTALL_FAST" CFLAGS="$CFLAGS_FAST" \
272         CPPFLAGS="-DSC_LOG_PRIORITY=SC_LP_ESSENTIAL" \
273         "$@" > config.output || bdie "Error in configure"
274 make -C sc -j 8 > make.output || bdie "Error in make sc"
275 make -j 8 >> make.output || bdie "Error in make p4est"
276 make install >> make.output || bdie "Error in make install"
277 echo "FAST version installed in $INSTALL_FAST"
278
279 echo
280 echo "Build DEBUG version in $BUILD_DEBUG"
281 mkdir -p "$BUILD_DEBUG"
282 cd "$BUILD_DEBUG"
283 "$UNPACK/configure" --enable-debug $ENABLE_MPI --enable-shared \
284         --disable-vtk-binary --without-blas \
285         --prefix="$INSTALL_DEBUG" CFLAGS="$CFLAGS_DEBUG" \
286         CPPFLAGS="-DSC_LOG_PRIORITY=SC_LP_ESSENTIAL" \
287         "$@" > config.output || bdie "Error in configure"
288 make -C sc -j 8 > make.output || bdie "Error in make sc"
289 make -j 8 >> make.output || bdie "Error in make p4est"
290 make install >> make.output || bdie "Error in make install"
291 echo "DEBUG version installed in $INSTALL_DEBUG"
292 echo
293
294 ```
295
296 ## Deal.II
297
298 And finally, the deal.II library. Please consider using this script, since it will automatically 
299 feed the *build tests* page with the outcome of your compilation.
300
301 ### deal.sh
302
303 ```sh
304 if [ ! -d "$DEAL_II_BUILD" ]; then
305         mkdir $DEAL_II_BUILD
306 fi
307
308 NAME=`basename $DEAL_II_BUILD`
309 cp deal.conf $DEAL_II_BUILD/$NAME
310
311 cd $DEAL_II_SRC
312 svn update
313
314 LOGFILE=/usr/local/src/conf-scripts/deal.log
315
316 umask 0006
317
318 $DEAL_II_SRC/contrib/utilities/build_test -j4 \
319         CONFIGFILE=$DEAL_II_BUILD/$NAME \
320         SOURCE_DIR=$DEAL_II_SRC \
321         builddir=$DEAL_II_BUILD \
322         installdir=$DEAL_II_DIR \
323         LOGFILE=$LOGFILE \
324         MAKEOPTS=-j2 \
325         CLEAN_TMPDIR=false
326
327 grep SUCCESSFUL $LOGFILE && mail  dealii.build.tests@gmail.com < $LOGFILE 
328
329 ```
330
331 ## Using deal.II with Xcode IDE
332
333 Setting up Xcode for use of the deal.II libraries requires lots of project specifications that can automatically be generated by CMake. The following procedure covers the installation of necessary tools, the compilation of the deal.II libraries and the Xcode project generation. It was tested with Mac OS X 10.8.4, Xcode 4.6.3, CMake 2.8.10.2 and deal.II 8.0pre.
334
335 First, install Xcode (via the app store) and MacPorts (available on http://www.macports.org). Then install CMake with the terminal command
336 ```
337 sudo port install cmake
338 ```
339 Create a new folder on your machine somewhere and change to it in terminal. Then download the current deal.II version by typing
340 ```
341 svn checkout https://svn.dealii.org/trunk/deal.II
342 ```
343 Change to the deal.II subdirectory
344 ```
345 cd deal.II
346 ```
347 Create new build directory and change to it
348 ```
349 mkdir build
350 cd build
351 ```
352 Run cmake to prepare compilation
353 ```
354 cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/Users/Username/libs/deal_8.0.pre ..
355 ```
356 where the path is the directory where the deal.II library will be installed, change it as you like.
357 Compile the library
358 ```
359 make -j8
360 make install
361 ```
362 8 is the number of cores your machine has, change this if necessary. The first command might take a while (up to one hour). After compilation, the whole deal.II directory can be deleted, as the library is now installed in the path specified above (INSTALL_PREFIX). Go to the specified directory and change to the step-1 example folder. Run cmake to prepare example to be used with Xcode
363 ```
364 cmake -G Xcode -DDEAL_II_DIR=/Users/Username/libs/deal_8.0.pre .
365 ```
366 The DDEAL_II_DIR is the directory where the library is to be found, like specified before (INSTALL_PREFIX). The file step-1.xcodeproj is now generated and can be opened with Xcode. A click on RUN should compile the code into subdirectory "Debug", but not execute it. For build and run change Product -> Scheme to 'step-1'. Code completion, compiling and debugging should be working now. If you add a new class, activate target membership step-1 so that the class is automatically compiled when clicking on run.
367
368
369 ## Getting rid of pop-ups when running executables compiled with deal.II
370
371 When running an deal.II executable that uses MPI on a mac with the firewall or parental control enabled, a pop-up appears that asks 
372 "Do you want the application xxx to accept incoming network connections?". It pops up as many MPI precesses you asked for which becomes
373 annoying. The way to prevent the pop-up is to code sign your executable. If you have a code signing certificate, configure you project 
374 using the OSX_CERTIFICATE_NAME feature:
375 ```
376 cmake -DOSX_CERTIFICATE_NAME="put your code signing certificate name here" .
377 ```
378 The executable will be signed using the certificate every time it is recompiled.
379
380 If you don't have a certificate or you are not sure, then follow these instructions:
381
382   1. Open Keychain Access.
383   1. Choose Keychain Access->Certificate Assistant->Create a certificate.
384   1. Choose a name for the certificate (Something like "deal.II developer").
385   1. Choose Certificate Type "Code Signing".
386   1. Check "Let me override defaults".
387   1. Press Continue.
388   1. Write any serial number you want (the name and serial number must be unique in the system).
389   1. Select how many days you want the certificate to be valid (2000 is just above 5 years).
390   1. Press Continue then put your personal data (nobody will see that but you so you can have fun with it).
391   1. Press Continue to get Key Pair Information. Keep as is.
392   1. Press Continue to get Key Usage Extension. Keep as is.
393   1. Press Continue to get Extended Key Usage Extension. Keep as is.
394   1. Press Continue to get Basic Constraints Extension. Keep as is.
395   1. Press Continue to get Subject Alternate Name Extension. Keep as is.
396   1. Press Continue and keep the Keychain "login" selected.
397   1. Press Continue then Done.
398   1. Right Click on your newly generated certificate.
399   1. Select "Get Info"
400   1. Select the triangle next to "Trust"
401   1. Scroll down to "Code Signing" and change it "Always Trust"
402   1. The system will ask for the administrator password to allow the changes. Enter it and press OK.
403
404 Now you have a code signing certificate that you can use with deal.II. Configure the project with the new certificate with a command line like this:
405 ```
406 cmake -DOSX_CERTIFICATE_NAME="deal.II developer" .
407 ```
408
409
410
411 ---- 
412 # Older instructions
413
414 ---- 
415
416 ## Installation without PETSc and Trilinos
417
418 The installation of deal.II without support for Petsc and Trilinos is standard.
419 The gcc that comes with the latest version of Xcode works without problems.
420 At the time of writing this was gcc version 4.2.1 (Apple Inc. build 5646) (dot 1).
421 It is suggested that you use the latest version of Xcode available from
422 [## Dynamic libraries not found
423
424 If you get a message of the kind
425
426 ```
427 dyld: Library not loaded: libdeal_II_2d.g.6.2.1.dylib
428   Referenced from: /Users/.../deal.II/examples/step-1/./step-1
429   Reason: image not found
430 make: *** [run](http://developer.apple.com/technologies/tools/xcode.html]) Trace/BPT trap
431 ```
432
433 you have to set the path for dynamical libraries. Using <tt>csh</tt> or <tt>tcsh</tt>, this reads
434 ```
435 setenv DYLD_LIBRARY_PATH=$DYLD_LIBRARY_PATH:/Users/.../deal.II/lib
436 ```
437
438 while <tt>bash</tt> users use
439 ```
440 export DYLD_LIBRARY_PATH=$DYLD_LIBRARY_PATH:/Users/.../deal.II/lib
441 ```
442
443
444
445 ## Compiling Trilinos without Fortran support
446
447 One of the major hassles with using deal.II on a mac was compiling Trilinos which required fortran support.
448 It now seems possible to compile Trilinos 10.4.1  with all the features needed for deal.ii without fortran support. This is very nice as you can then simply use the mac gcc compilers and not worry about all the compatibility issues.
449
450 Here is my configure script:
451
452 ```sh
453 EXTRA_ARGS=$@
454 TRILINOS_HOME=/Users/andrewmcbride/lib/trilinos-10.4.1-Source
455
456  cmake \
457  -D CMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/Users/andrewmcbride/lib/trilinos-10.4.1-Source/MAC_SL \
458  -D CMAKE_BUILD_TYPE:STRING=RELEASE \
459  -D BUILD_SHARED_LIBS:BOOL=ON \
460  -D TPL_ENABLE_MPI:BOOL=OFF \
461  -DCMAKE_C_FLAGS:STRING="-fPIC" \
462  -DCMAKE_CXX_FLAGS:STRING="-fPIC" \
463  -D Trilinos_ENABLE_ALL_PACKAGES:BOOL=OFF \
464  -D Trilinos_ENABLE_Stratimikos:BOOL=ON \
465  -D Trilinos_ENABLE_Sacado:BOOL=ON \
466  -D Trilinos_ENABLE_NOX-Epetra:BOOL=OFF \
467  -D Trilinos_ENABLE_ALL_OPTIONAL_PACKAGES:BOOL=ON \
468  -D Trilinos_ENABLE_Fortran:BOOL=OFF \
469  -D CMAKE_CXX_COMPILER:FILEPATH=/usr/bin/g++ \
470  -D CMAKE_C_COMPILER:FILEPATH=/usr/bin/gcc \
471  $EXTRA_ARGS \
472  ${TRILINOS_HOME}
473 ```
474
475 ## Fortran support
476
477 Xcode does not provide support for Fortran.
478 This is needed (at present but see comments above) to compile Trilinos and PETSc with reasonable features.
479 To get the Fortan compilers on your mac you can follow one of several routes.
480
481  1. Install the precompiled high performance gcc libraries with Fortan support avaialble from  [A known problem with the latest release of these gcc libraries is said to be fixed (see [http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=43648](http://sourceforge.net/projects/hpc/]))
482
483  1. Build gcc with fortran support from source available from [http://gcc.gnu.org/]
484
485  1. Install gcc with fortran support using macports or similar.
486 This has never worked for me.
487
488 You will then need to install deal.II using these libraries: for example on my
489 mac the configure looks like this (no trilinos or petsc)
490 ```
491   $ ./configure --with-umfpack --with-blas --with-lapack
492   CC=/Users/andrewmcbride/lib/gcc_snwleo/usr/local/bin/gcc
493   CXX=/Users/andrewmcbride/lib/gcc_snwleo/usr/local/bin/g++
494   F77=/Users/andrewmcbride/lib/gcc_snwleo/usr/local/bin/gfortran
495   --with-doxygen=/Applications/Doxygen.app/Contents/Resources/doxygen
496 ```
497
498 ## Dynamic_cast bug
499
500 Due to inconsistencies between the Xcode and standard gcc releases a bug arose that caused deal.II to "crash" when performing certain dynamic casts.
501 A work around this problem was implemented in December 2009.
502 It is suggested that you install the svn version of deal.II to ensure this problem does not arise
503
504
505 ## Installation with Trilinos 10.2 and CMake
506
507 The latest versions of Trilinos require one to use the CMake build system, which requires some system configuration up front.  These steps were followed to obtain a working installation of Trilinos with MPI and deal.II.
508
509 On a fully updated 10.6 (Snow Leopard) machine, you should be able to install mac ports, and then install their versions of gcc45 and cmake.  To get a Fortran MPI compiler, you can download the latest version of OpenMPI, and compile it with the MacPorts gcc45, and install it in some directory (NOT the system one!!), making sure that the new /bin directory is in your PATH first.
510
511 Next, download and untar the Trilinos source, then create a directory where you want to build Trilinos.  Inside of that directory, copy the following into a text file:
512
513 ```sh
514  #!/bin/sh
515
516  EXTRA_ARGS=$@
517
518  rm -f CMakeCache.txt
519
520  cmake \
521  -D TrilinosFramework_ENABLE_MPI:BOOL=ON \
522  -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/path_to/trilinos_install_dir \
523  -D TPL_ENABLE_MPI:BOOL=ON \
524  -D MPI_BASE_DIR:PATH=/path_to_custom_MPI_install/mpi \
525  -D BUILD_SHARED_LIBS:BOOL=ON \
526  -D CMAKE_BUILD_TYPE:STRING=DEBUG \
527  -D CMAKE_CXX_COMPILER:FILEPATH=mpicxx \
528  -D CMAKE_C_COMPILER:FILEPATH=mpicc \
529  -D CMAKE_Fortran_COMPILER:FILEPATH=mpif90 \
530  -D Trilinos_WARNINGS_AS_ERRORS_FLAGS:STRING="" \
531  -D CMAKE_VERBOSE_MAKEFILE:BOOL=TRUE \
532  -D Trilinos_ENABLE_TESTS:BOOL=OFF \
533  -D Trilinos_ENABLE_ALL_PACKAGES:BOOL=TRUE \
534  -D Trilinos_ENABLE_ALL_OPTIONAL_PACKAGES:BOOL=ON \
535  -D Trilinos_ENABLE_Epetra:BOOL=ON \
536  -D Trilinos_ENABLE_EpetraExt:BOOL=ON \
537  -D Trilinos_ENABLE_Tpetra:BOOL=ON \
538  -D Trilinos_ENABLE_Jpetra:BOOL=ON \
539  -D Trilinos_ENABLE_Kokkos:BOOL=ON \
540  -D Trilinos_ENABLE_Sacado:BOOL=ON \
541  -D Trilinos_ENABLE_Amesos:BOOL=ON \
542  -D Trilinos_ENABLE_AztecOO:BOOL=ON \
543  -D Trilinos_ENABLE_Ifpack:BOOL=ON \
544  -D Trilinos_ENABLE_Teuchos:BOOL=ON \
545  -D Trilinos_ENABLE_ML:BOOL=ON \
546  -D Trilinos_ENABLE_Thyra:BOOL=ON \
547  -D Trilinos_ENABLE_TrilinosCouplings:BOOL=ON \
548  $EXTRA_ARGS \
549  /path_to/trilinos-10.2.2-Source
550 ```
551
552 Note that you will have to specify the paths for where to install Trilinos, where to find the source, and where to find your newly compiled MPI.  Next, you should give this text file executable permissions, and run it; Trilinos will configure.  You should then be able to compile it using 'make all -jX', where X is the number of cores you have, and then 'make install'.
553
554 To configure deal.II, you should set the environment variable 'TRILINOS_DIR' to your install directory for Trilinos, then export the /lib subdirectory of that location to the DYLD_LIBRARY_PATH.  You should then be able to configure deal.II and have it see the installation.
555
556 Note: additional packages can be added by simply adding another line like {{{-D Trilinos_ENABLE_AztecOO:BOOL=ON}}}  Also, there is no claim that this list of options is complete/optimal, but it seems to work well for the author of this note.
557
558
559
560 ## Teuchos Error (Trilinos 10.4.1) when deal.II is Configured with Mumps, Blacs, Petsc and Trilinos 10.4.1
561
562 When deal.ii was configured to use Mumps and Blacs like so:
563
564 ```
565         ./configure --enable-shared --disable-threads \
566                     --with-cpu=native --with-umfpack  \
567                     --with-mumps=PATH-TO-MUMPS \
568                     --with-scalapack=PATH-TO-SCALAPACK \
569                     --with-blacs=PATH-TO-BLACS  --with-lapack=lapack \
570                     --with-metis-libs=/opt/local/lib \
571                     --with-trilinos=PATH-TO-TRILINOS
572 ```
573
574 the following error occurred during compilation:
575
576 ```
577         ============================ Compiling expand_instantiations
578         ============================ Compiling report_features
579         Undefined symbols:
580         "Teuchos::PrintActiveRCPNodes::PrintActiveRCPNodes()", referenced from:
581          global constructors keyed to report_features.cc in ccnoQB3F.o
582         "Teuchos::PrintActiveRCPNodes::~PrintActiveRCPNodes()", referenced from:
583         global constructors keyed to report_features.cc in ccnoQB3F.o
584         ld: symbol(s) not found
585 ```
586
587 Removing {{{--with-mumps and --with-blacs}}} allowed successful compilation.
588
589 The compilers used above were OpenMPI's MPI wrappers (including the Fortran MPI compiler), which were compiled with Macports' gcc45.

In the beginning the Universe was created. This has made a lot of people very angry and has been widely regarded as a bad move.

Douglas Adams


Typeset in Trocchi and Trocchi Bold Sans Serif.