MacOSX.md

   1 # Using deal.II on Mac OS X
   2
   3 <!-- No auto-Table of Contents support! -->
   4
   5 ## Installing the prepacked image file
   6
   7 The easiest way to install dealII on Mac OS X is by downloading the prepackaged `.dmg` file from the download page. Simply download and drag the `deal.II.app` to the `/Applications/` folder.
   8
   9 The application is only a launcher for the `Terminal.app` application, which sets all required variables for deal.II to work correctly on your system.
  10
  11 The examples are in the folder
  12
  13         /Applications/deal.II.app/Contents/Resources/examples/
  14
  15 This application is always built with the latest version of the MacOS X operating system, and with the latest version of XCode. See instructions below to make sure your system is compatbile with the binary application.
  16
  17 If you have a Mac with clang version lower than 6.1.0, then you can try with the the precompiled image named `deal.II.8.3.0.nocxx14.dmg` which may work on your system.
  18
  19 ## Detailed instructions:
  20
  21 1. Install xcode from the app store. You might need to install the command line tools. Open a terminal and make sure "clang" does not report "command not found". You might need to run
  22
  23         xcode-select --install
  24
  25     to install the tools.
  26 2. Install cmake if you don't have it (check by typing "cmake" in terminal). To do so got to http://www.cmake.org/download/ and download the Mac OSX binary .dmg, then open the .dmg and drag cmake into "applications".
  27 3. Download the latest .dmg of deal.II from https://www.dealii.org/download.html and drag it into "applications".
  28 4. You should now have cmake and deal.II in your "applications" in finder. Opening the deal.II app will give you a terminal you can use to compile deal.II applications. The library is installed under ```/Applications/deal.II.app/Contents/Resources```
  29 5. Set up your bash profile. Open a terminal and type "touch .profile;open .profile". In the editor add the following line to the file:
  30
  31         export PATH=/Applications/CMake.app/Contents/bin:$PATH
  32
  33 6. done.
  34
  35
  36 # Instructions for Mac 10.9 Users, Deal.II ver. 8.0 or later (current trunk)
  37
  38 From Mac OS 10.9 onwards, Apple changed quite a few things in their developer tools. You should install XCode 5 **and** its command line tools. If you only do this, however, the installer  will not populate /usr/lib and /usr/include as it used to do, since from Mac OS 10.9, they decided that everything should be self contained in specific SDK directories. If you want to have the standard locations populated (to have, among others, zlib.h, etc.) you should also run the following command:
  39
  40 ```sh
  41 xcode-select --install
  42 ```
  43
  44 which will download and install a lot of useful things for us.
  45
  46 If you decide to compile everything yourself, you should follow the instructions below. Otherwise we provide a useful package containing all precompiled libraries for the full optional deal.II under the Downloads section of this site.
  47
  48 # Simple instructions for Mac 10.8 Users, Deal.II ver. 8.1
  49
  50 Here are instructions for a minimal deal.II installation (without other packages):
  51   1. Install XCode
  52   1. Install XCode "command line tools" (you can find them under preferences->Downloads->Components).
  53   1. Install cmake (download Mac OSX 64/32-bit Universal .dmg file, click to install, hit "install links into /local/bin")
  54   1. Test that cmake works by running "cmake --version" in a terminal
  55   1. Now proceed as explained in the deal.II readme (download the .tar.gz, extract using "tar xf deal.II-8.1.0.tar.gz", create build directory, cd into it)
  56   1. You may need to overwrite the cxx compiler by calling:
  57       cmake -D CMAKE_CXX_COMPILER=clang++ ..
  58   1. Now proceed with "make install" and "make test"
  59
  60
  61 # Instructions for Mac 10.8 Users, Deal.II ver. 8.0 or later (current trunk)
  62
  63 Recent Mac Versions come with Apple own version of gcc and clang compilers. They are both based on LLVM backend, but they behave slightly differently.
  64
  65 **If you want to use deal.II in conjunction with Trilinos, then you should install the macports compiler gcc47**.
  66
  67 Step by step instructions (Working on Mac OS 10.8.8 and XCode 4.6.2):
  68
  69   1. Install XCode
  70   1. Install XCode "command line Tools" (you can find them under preferences->Downloads->Components).
  71   1. (**only if you want to use also Trilinos**) Install macports (http://www.macports.org/)
  72   1. Install gcc47
  73 ```
  74 sudo port install gcc47
  75 ```
  76   1. **Optional**: install all additional packages you might want to use with `deal.II`. For example:
  77 ```
  78 sudo port install arpack +gcc47
  79 sudo port install tbb +gcc47
  80 sudo port install netcdf +gcc47
  81 sudo port install boost +gcc47
  82 sudo port install suitesparse +gcc47
  83 sudo port install metis +gcc47
  84 sudo port install qt4-mac +gcc47
  85 ```
  86
  87 The openmpi package that comes with macports will not work properly with Trilinos. You should install it from scratch if you want mpi support.
  88
  89 I have customised my profile file in order to allow me to switch from one compiler to another in a relatively easy way, maintaining a reasonable structure in the libraries that I install, without the need to recompile everything when I change my mind. I try to use the same compiler for all the libraries I use, and to keep copies around of the compiled libraries in order to have a "backup plan" when things go wrong with my own deal.II experiments...
  90
  91 I usually keep all source files under the same directory (`$SRC`), build in subdirectories (`$SRC/library-name/$TYPE`) of the source directories, and install in separate "destination" directories (`$DST/library-name-$TYPE`). Of  course this is my personal taste. You can easily change this below....
  92
  93 At the end of your `~/.profile` file, add the following lines:
  94 ```
  95 # Available compilers: native, gcc, openmpi
  96 . ~/.profile-libs gcc
  97 ```
  98
  99 Create the file `~/.profile-libs`, which will accept a command line argument specifying the compiler to use:
 100 ```sh
 101 # TYPE is the first argument
 102 TYPE=$1
 103
 104 # Versions of the external libraries we want to compile/install
 105 TRILINOS_VER=11.0.3
 106 P4EST_VER=0.3.4
 107
 108 # Where source directories and install destination should be.
 109 SRC=~/libs_src
 110 DST=~/libs
 111
 112 # Change the following to suite your own system
 113 case "$TYPE" in
 114 native)
 115     export CC=/usr/bin/clang
 116     export CXX=/usr/bin/clang++
 117     export USE_MPI=OFF
 118     ;;
 119 gcc)
 120     export CC=/opt/local/bin/gcc-mp-4.7
 121     export CXX=/opt/local/bin/g++-mp-4.7
 122     export USE_MPI=OFF
 123     ;;
 124 openmpi)
 125     export CC=/usr/local/bin/mpicc
 126     export CXX=/usr/local/bin/mpic++
 127     export USE_MPI=ON
 128     ;;
 129 esac
 130
 131 export DEAL_II_SRC=$SRC/deal.II
 132 export P4EST_SRC=$SRC/p4est-$P4EST_VER
 133 export TRILINOS_SRC=$SRC/trilinos-$TRILINOS_VER-Source
 134
 135 export DEAL_II_BUILD=$DEAL_II_SRC/$TYPE
 136 export TRILINOS_BUILD=$TRILINOS_SRC/$TYPE
 137 export P4EST_BUILD=$P4EST_SRC/$TYPE
 138
 139 export DEAL_II_DIR=$DST/deal.II-$TYPE
 140 export P4EST_DIR=$DST/p4est-$P4EST_VER-$TYPE
 141 export TRILINOS_DIR=$DST/trilinos-$TRILINOS_VER-$TYPE
 142
 143 export DYLD_LIBRARY_PATH=$TRILINOS_DIR/lib
 144
 145 ```
 146
 147 This assumes you have downloaded all your packages under `$SRC`, and that you are installing them under `$DST`. Change these to your liking.
 148
 149 ## Trilinos 11.0.3
 150
 151 Once the above environment variables are set, you can install Trilinos using the following script:
 152
 153 ### trilinos.sh
 154
 155 ```sh
 156 EXTRA_ARGS=$@
 157
 158 if [ ! -d "$TRILINOS_BUILD" ]; then
 159         mkdir $TRILINOS_BUILD
 160 fi
 161 cd  $TRILINOS_BUILD
 162
 163 cmake \
 164 -D TrilinosFramework_ENABLE_MPI:BOOL=$USE_MPI \
 165 -D CMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=$TRILINOS_DIR \
 166 -D TPL_ENABLE_MPI:BOOL=$USE_MPI \
 167 -D BUILD_SHARED_LIBS:BOOL=ON \
 168 -D CMAKE_BUILD_TYPE:STRING=RELEASE \
 169 -D Trilinos_ENABLE_Fortran:BOOL=OFF \
 170 -D Trilinos_WARNINGS_AS_ERRORS_FLAGS:STRING="" \
 171 -D CMAKE_VERBOSE_MAKEFILE:BOOL=TRUE \
 172 -D Trilinos_ENABLE_TESTS:BOOL=OFF \
 173 -D Trilinos_ENABLE_ALL_PACKAGES:BOOL=OFF \
 174 -D Trilinos_ENABLE_ALL_OPTIONAL_PACKAGES:BOOL=ON \
 175 -D Trilinos_ENABLE_Epetra:BOOL=ON \
 176 -D Trilinos_ENABLE_EpetraExt:BOOL=ON \
 177 -D Trilinos_ENABLE_Tpetra:BOOL=ON \
 178 -D Trilinos_ENABLE_Jpetra:BOOL=ON \
 179 -D Trilinos_ENABLE_Kokkos:BOOL=ON \
 180 -D Trilinos_ENABLE_Sacado:BOOL=ON \
 181 -D Trilinos_ENABLE_Amesos:BOOL=ON \
 182 -D Trilinos_ENABLE_AztecOO:BOOL=ON \
 183 -D Trilinos_ENABLE_Ifpack:BOOL=ON \
 184 -D Trilinos_ENABLE_Teuchos:BOOL=ON \
 185 -D Trilinos_ENABLE_Rythmos:BOOL=ON \
 186 -D Trilinos_ENABLE_Piro:BOOL=ON \
 187 -D Trilinos_ENABLE_MOOCHO:BOOL=ON \
 188 -D Trilinos_ENABLE_ML:BOOL=ON \
 189 -D Trilinos_ENABLE_Thyra:BOOL=ON \
 190 -D Trilinos_ENABLE_TrilinosCouplings:BOOL=ON \
 191 $EXTRA_ARGS \
 192 ../
 193
 194 make -j2 install
 195 ```
 196
 197 ## p4est
 198
 199 The following script will install p4est. It has been modified from the file `doc/p4est-setup.sh` in the p4est distribution, to use the variables which where set in the environment.
 200
 201 ### p4est.sh
 202
 203 ```sh
 204 #! /bin/bash
 205
 206 # This program comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
 207
 208 UNPACK=$P4EST_SRC
 209
 210 # choose names for fast and debug compilation directories
 211 BUILD_DIR="$P4EST_BUILD"
 212 BUILD_FAST="$BUILD_DIR/FAST"
 213 BUILD_DEBUG="$BUILD_DIR/DEBUG"
 214
 215 function busage() {
 216         echo "Usage: `basename $0` <p4est_tar.gz_file> [location>](<install)"
 217 }
 218 function bdie () {
 219         echo "Error: $@"
 220         exit 1
 221 }
 222
 223
 224 if test -z "$CFLAGS" -a -z "$P4EST_CFLAGS_FAST" ; then
 225         export CFLAGS_FAST="-O2"
 226 else
 227         export CFLAGS_FAST="$CFLAGS $P4EST_CFLAGS_FAST"
 228 fi
 229 echo "CFLAGS_FAST: $CFLAGS_FAST"
 230 if test -z "$CFLAGS" -a -z "$P4EST_CFLAGS_DEBUG" ; then
 231         export CFLAGS_DEBUG="-O0 -g"
 232 else
 233         export CFLAGS_DEBUG="$CFLAGS $P4EST_CFLAGS_DEBUG"
 234 fi
 235 echo "CFLAGS_DEBUG: $CFLAGS_DEBUG"
 236
 237 # choose names for fast and debug installation directories
 238 INSTALL_DIR="$P4EST_DIR"
 239 INSTALL_FAST="$INSTALL_DIR/FAST"
 240 INSTALL_DEBUG="$INSTALL_DIR/DEBUG"
 241
 242 echo
 243 echo "This script tries to unpack, configure and build the p4est library."
 244 echo "Build FAST: $BUILD_FAST"
 245 echo "Build DEBUG: $BUILD_DEBUG"
 246 echo "Install FAST: $INSTALL_FAST"
 247 echo "Install DEBUG: $INSTALL_DEBUG"
 248 echo "Checking environment: CFLAGS P4EST_CFLAGS_FAST P4EST_CFLAGS_DEBUG"
 249
 250 # remove old versions
 251 if test -d "$BUILD_DIR" ; then
 252         rm -rf "$BUILD_DIR"
 253 fi
 254
 255 test -f "$UNPACK/src/p4est.h" || bdie "Main header file missing"
 256 test -f "$UNPACK/configure" || bdie "Configure script missing"
 257
 258 echo "See output in files .../config.output and .../make.output"
 259 echo
 260 echo "Build FAST version in $BUILD_FAST"
 261 mkdir -p "$BUILD_FAST"
 262 cd "$BUILD_FAST"
 263
 264 if [ "$USE_MPI" == "ON" ]; then
 265     ENABLE_MPI=--enable-mpi
 266 else
 267     ENABLE_MPI=""
 268 fi
 269
 270 "$UNPACK/configure" $ENABLE_MPI --enable-shared \
 271         --disable-vtk-binary --with-blas \
 272         --prefix="$INSTALL_FAST" CFLAGS="$CFLAGS_FAST" \
 273         CPPFLAGS="-DSC_LOG_PRIORITY=SC_LP_ESSENTIAL" \
 274         "$@" > config.output || bdie "Error in configure"
 275 make -C sc -j 8 > make.output || bdie "Error in make sc"
 276 make -j 8 >> make.output || bdie "Error in make p4est"
 277 make install >> make.output || bdie "Error in make install"
 278 echo "FAST version installed in $INSTALL_FAST"
 279
 280 echo
 281 echo "Build DEBUG version in $BUILD_DEBUG"
 282 mkdir -p "$BUILD_DEBUG"
 283 cd "$BUILD_DEBUG"
 284 "$UNPACK/configure" --enable-debug $ENABLE_MPI --enable-shared \
 285         --disable-vtk-binary --without-blas \
 286         --prefix="$INSTALL_DEBUG" CFLAGS="$CFLAGS_DEBUG" \
 287         CPPFLAGS="-DSC_LOG_PRIORITY=SC_LP_ESSENTIAL" \
 288         "$@" > config.output || bdie "Error in configure"
 289 make -C sc -j 8 > make.output || bdie "Error in make sc"
 290 make -j 8 >> make.output || bdie "Error in make p4est"
 291 make install >> make.output || bdie "Error in make install"
 292 echo "DEBUG version installed in $INSTALL_DEBUG"
 293 echo
 294
 295 ```
 296
 297 ## Deal.II
 298
 299 And finally, the deal.II library. Please consider using this script, since it will automatically
 300 feed the *build tests* page with the outcome of your compilation.
 301
 302 ### deal.sh
 303
 304 ```sh
 305 if [ ! -d "$DEAL_II_BUILD" ]; then
 306         mkdir $DEAL_II_BUILD
 307 fi
 308
 309 NAME=`basename $DEAL_II_BUILD`
 310 cp deal.conf $DEAL_II_BUILD/$NAME
 311
 312 cd $DEAL_II_SRC
 313 svn update
 314
 315 LOGFILE=/usr/local/src/conf-scripts/deal.log
 316
 317 umask 0006
 318
 319 $DEAL_II_SRC/contrib/utilities/build_test -j4 \
 320         CONFIGFILE=$DEAL_II_BUILD/$NAME \
 321         SOURCE_DIR=$DEAL_II_SRC \
 322         builddir=$DEAL_II_BUILD \
 323         installdir=$DEAL_II_DIR \
 324         LOGFILE=$LOGFILE \
 325         MAKEOPTS=-j2 \
 326         CLEAN_TMPDIR=false
 327
 328 grep SUCCESSFUL $LOGFILE && mail  dealii.build.tests@gmail.com < $LOGFILE
 329
 330 ```
 331
 332 ## Using deal.II with Xcode IDE
 333
 334 Setting up Xcode for use of the deal.II libraries requires lots of project specifications that can automatically be generated by CMake. The following procedure covers the installation of necessary tools, the compilation of the deal.II libraries and the Xcode project generation. It was tested with Mac OS X 10.8.4, Xcode 4.6.3, CMake 2.8.10.2 and deal.II 8.0pre.
 335
 336 First, install Xcode (via the app store) and MacPorts (available on http://www.macports.org). Then install CMake with the terminal command
 337 ```
 338 sudo port install cmake
 339 ```
 340 Create a new folder on your machine somewhere and change to it in terminal. Then download the current deal.II version by typing
 341 ```
 342 svn checkout https://svn.dealii.org/trunk/deal.II
 343 ```
 344 Change to the deal.II subdirectory
 345 ```
 346 cd deal.II
 347 ```
 348 Create new build directory and change to it
 349 ```
 350 mkdir build
 351 cd build
 352 ```
 353 Run cmake to prepare compilation
 354 ```
 355 cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/Users/Username/libs/deal_8.0.pre ..
 356 ```
 357 where the path is the directory where the deal.II library will be installed, change it as you like.
 358 Compile the library
 359 ```
 360 make -j8
 361 make install
 362 ```
 363 8 is the number of cores your machine has, change this if necessary. The first command might take a while (up to one hour). After compilation, the whole deal.II directory can be deleted, as the library is now installed in the path specified above (INSTALL_PREFIX). Go to the specified directory and change to the step-1 example folder. Run cmake to prepare example to be used with Xcode
 364 ```
 365 cmake -G Xcode -DDEAL_II_DIR=/Users/Username/libs/deal_8.0.pre .
 366 ```
 367 The DDEAL_II_DIR is the directory where the library is to be found, like specified before (INSTALL_PREFIX). The file step-1.xcodeproj is now generated and can be opened with Xcode. A click on RUN should compile the code into subdirectory "Debug", but not execute it. For build and run change Product -> Scheme to 'step-1'. Code completion, compiling and debugging should be working now. If you add a new class, activate target membership step-1 so that the class is automatically compiled when clicking on run.
 368
 369
 370 ## Getting rid of pop-ups when running executables compiled with deal.II
 371
 372 When running an deal.II executable that uses MPI on a mac with the firewall or parental control enabled, a pop-up appears that asks
 373 "Do you want the application xxx to accept incoming network connections?". It pops up as many MPI precesses you asked for which becomes
 374 annoying. The way to prevent the pop-up is to code sign your executable. If you have a code signing certificate, configure you project
 375 using the OSX_CERTIFICATE_NAME feature:
 376 ```
 377 cmake -DOSX_CERTIFICATE_NAME="put your code signing certificate name here" .
 378 ```
 379 The executable will be signed using the certificate every time it is recompiled.
 380
 381 If you don't have a certificate or you are not sure, then follow these instructions:
 382
 383   1. Open Keychain Access.
 384   1. Choose Keychain Access->Certificate Assistant->Create a certificate.
 385   1. Choose a name for the certificate (Something like "deal.II developer").
 386   1. Choose Certificate Type "Code Signing".
 387   1. Check "Let me override defaults".
 388   1. Press Continue.
 389   1. Write any serial number you want (the name and serial number must be unique in the system).
 390   1. Select how many days you want the certificate to be valid (2000 is just above 5 years).
 391   1. Press Continue then put your personal data (nobody will see that but you so you can have fun with it).
 392   1. Press Continue to get Key Pair Information. Keep as is.
 393   1. Press Continue to get Key Usage Extension. Keep as is.
 394   1. Press Continue to get Extended Key Usage Extension. Keep as is.
 395   1. Press Continue to get Basic Constraints Extension. Keep as is.
 396   1. Press Continue to get Subject Alternate Name Extension. Keep as is.
 397   1. Press Continue and keep the Keychain "login" selected.
 398   1. Press Continue then Done.
 399   1. Right Click on your newly generated certificate.
 400   1. Select "Get Info"
 401   1. Select the triangle next to "Trust"
 402   1. Scroll down to "Code Signing" and change it "Always Trust"
 403   1. The system will ask for the administrator password to allow the changes. Enter it and press OK.
 404
 405 Now you have a code signing certificate that you can use with deal.II. Configure the project with the new certificate with a command line like this:
 406 ```
 407 cmake -DOSX_CERTIFICATE_NAME="deal.II developer" .
 408 ```
 409
 410
 411
 412 ----
 413 # Older instructions
 414
 415 ----
 416
 417 ## Installation without PETSc and Trilinos
 418
 419 The installation of deal.II without support for Petsc and Trilinos is standard.
 420 The gcc that comes with the latest version of Xcode works without problems.
 421 At the time of writing this was gcc version 4.2.1 (Apple Inc. build 5646) (dot 1).
 422 It is suggested that you use the latest version of Xcode available from
 423 [## Dynamic libraries not found
 424
 425 If you get a message of the kind
 426
 427 ```
 428 dyld: Library not loaded: libdeal_II_2d.g.6.2.1.dylib
 429   Referenced from: /Users/.../deal.II/examples/step-1/./step-1
 430   Reason: image not found
 431 make: *** [run](http://developer.apple.com/technologies/tools/xcode.html]) Trace/BPT trap
 432 ```
 433
 434 you have to set the path for dynamical libraries. Using <tt>csh</tt> or <tt>tcsh</tt>, this reads
 435 ```
 436 setenv DYLD_LIBRARY_PATH=$DYLD_LIBRARY_PATH:/Users/.../deal.II/lib
 437 ```
 438
 439 while <tt>bash</tt> users use
 440 ```
 441 export DYLD_LIBRARY_PATH=$DYLD_LIBRARY_PATH:/Users/.../deal.II/lib
 442 ```
 443
 444
 445
 446 ## Compiling Trilinos without Fortran support
 447
 448 One of the major hassles with using deal.II on a mac was compiling Trilinos which required fortran support.
 449 It now seems possible to compile Trilinos 10.4.1  with all the features needed for deal.ii without fortran support. This is very nice as you can then simply use the mac gcc compilers and not worry about all the compatibility issues.
 450
 451 Here is my configure script:
 452
 453 ```sh
 454 EXTRA_ARGS=$@
 455 TRILINOS_HOME=/Users/andrewmcbride/lib/trilinos-10.4.1-Source
 456
 457  cmake \
 458  -D CMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/Users/andrewmcbride/lib/trilinos-10.4.1-Source/MAC_SL \
 459  -D CMAKE_BUILD_TYPE:STRING=RELEASE \
 460  -D BUILD_SHARED_LIBS:BOOL=ON \
 461  -D TPL_ENABLE_MPI:BOOL=OFF \
 462  -DCMAKE_C_FLAGS:STRING="-fPIC" \
 463  -DCMAKE_CXX_FLAGS:STRING="-fPIC" \
 464  -D Trilinos_ENABLE_ALL_PACKAGES:BOOL=OFF \
 465  -D Trilinos_ENABLE_Stratimikos:BOOL=ON \
 466  -D Trilinos_ENABLE_Sacado:BOOL=ON \
 467  -D Trilinos_ENABLE_NOX-Epetra:BOOL=OFF \
 468  -D Trilinos_ENABLE_ALL_OPTIONAL_PACKAGES:BOOL=ON \
 469  -D Trilinos_ENABLE_Fortran:BOOL=OFF \
 470  -D CMAKE_CXX_COMPILER:FILEPATH=/usr/bin/g++ \
 471  -D CMAKE_C_COMPILER:FILEPATH=/usr/bin/gcc \
 472  $EXTRA_ARGS \
 473  ${TRILINOS_HOME}
 474 ```
 475
 476 ## Fortran support
 477
 478 Xcode does not provide support for Fortran.
 479 This is needed (at present but see comments above) to compile Trilinos and PETSc with reasonable features.
 480 To get the Fortan compilers on your mac you can follow one of several routes.
 481
 482  1. Install the precompiled high performance gcc libraries with Fortan support avaialble from  [A known problem with the latest release of these gcc libraries is said to be fixed (see [http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=43648](http://sourceforge.net/projects/hpc/]))
 483
 484  1. Build gcc with fortran support from source available from [http://gcc.gnu.org/]
 485
 486  1. Install gcc with fortran support using macports or similar.
 487 This has never worked for me.
 488
 489 You will then need to install deal.II using these libraries: for example on my
 490 mac the configure looks like this (no trilinos or petsc)
 491 ```
 492   $ ./configure --with-umfpack --with-blas --with-lapack
 493   CC=/Users/andrewmcbride/lib/gcc_snwleo/usr/local/bin/gcc
 494   CXX=/Users/andrewmcbride/lib/gcc_snwleo/usr/local/bin/g++
 495   F77=/Users/andrewmcbride/lib/gcc_snwleo/usr/local/bin/gfortran
 496   --with-doxygen=/Applications/Doxygen.app/Contents/Resources/doxygen
 497 ```
 498
 499 ## Dynamic_cast bug
 500
 501 Due to inconsistencies between the Xcode and standard gcc releases a bug arose that caused deal.II to "crash" when performing certain dynamic casts.
 502 A work around this problem was implemented in December 2009.
 503 It is suggested that you install the svn version of deal.II to ensure this problem does not arise
 504
 505
 506 ## Installation with Trilinos 10.2 and CMake
 507
 508 The latest versions of Trilinos require one to use the CMake build system, which requires some system configuration up front.  These steps were followed to obtain a working installation of Trilinos with MPI and deal.II.
 509
 510 On a fully updated 10.6 (Snow Leopard) machine, you should be able to install mac ports, and then install their versions of gcc45 and cmake.  To get a Fortran MPI compiler, you can download the latest version of OpenMPI, and compile it with the MacPorts gcc45, and install it in some directory (NOT the system one!!), making sure that the new /bin directory is in your PATH first.
 511
 512 Next, download and untar the Trilinos source, then create a directory where you want to build Trilinos.  Inside of that directory, copy the following into a text file:
 513
 514 ```sh
 515  #!/bin/sh
 516
 517  EXTRA_ARGS=$@
 518
 519  rm -f CMakeCache.txt
 520
 521  cmake \
 522  -D TrilinosFramework_ENABLE_MPI:BOOL=ON \
 523  -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/path_to/trilinos_install_dir \
 524  -D TPL_ENABLE_MPI:BOOL=ON \
 525  -D MPI_BASE_DIR:PATH=/path_to_custom_MPI_install/mpi \
 526  -D BUILD_SHARED_LIBS:BOOL=ON \
 527  -D CMAKE_BUILD_TYPE:STRING=DEBUG \
 528  -D CMAKE_CXX_COMPILER:FILEPATH=mpicxx \
 529  -D CMAKE_C_COMPILER:FILEPATH=mpicc \
 530  -D CMAKE_Fortran_COMPILER:FILEPATH=mpif90 \
 531  -D Trilinos_WARNINGS_AS_ERRORS_FLAGS:STRING="" \
 532  -D CMAKE_VERBOSE_MAKEFILE:BOOL=TRUE \
 533  -D Trilinos_ENABLE_TESTS:BOOL=OFF \
 534  -D Trilinos_ENABLE_ALL_PACKAGES:BOOL=TRUE \
 535  -D Trilinos_ENABLE_ALL_OPTIONAL_PACKAGES:BOOL=ON \
 536  -D Trilinos_ENABLE_Epetra:BOOL=ON \
 537  -D Trilinos_ENABLE_EpetraExt:BOOL=ON \
 538  -D Trilinos_ENABLE_Tpetra:BOOL=ON \
 539  -D Trilinos_ENABLE_Jpetra:BOOL=ON \
 540  -D Trilinos_ENABLE_Kokkos:BOOL=ON \
 541  -D Trilinos_ENABLE_Sacado:BOOL=ON \
 542  -D Trilinos_ENABLE_Amesos:BOOL=ON \
 543  -D Trilinos_ENABLE_AztecOO:BOOL=ON \
 544  -D Trilinos_ENABLE_Ifpack:BOOL=ON \
 545  -D Trilinos_ENABLE_Teuchos:BOOL=ON \
 546  -D Trilinos_ENABLE_ML:BOOL=ON \
 547  -D Trilinos_ENABLE_Thyra:BOOL=ON \
 548  -D Trilinos_ENABLE_TrilinosCouplings:BOOL=ON \
 549  $EXTRA_ARGS \
 550  /path_to/trilinos-10.2.2-Source
 551 ```
 552
 553 Note that you will have to specify the paths for where to install Trilinos, where to find the source, and where to find your newly compiled MPI.  Next, you should give this text file executable permissions, and run it; Trilinos will configure.  You should then be able to compile it using 'make all -jX', where X is the number of cores you have, and then 'make install'.
 554
 555 To configure deal.II, you should set the environment variable 'TRILINOS_DIR' to your install directory for Trilinos, then export the /lib subdirectory of that location to the DYLD_LIBRARY_PATH.  You should then be able to configure deal.II and have it see the installation.
 556
 557 Note: additional packages can be added by simply adding another line like {{{-D Trilinos_ENABLE_AztecOO:BOOL=ON}}}  Also, there is no claim that this list of options is complete/optimal, but it seems to work well for the author of this note.
 558
 559
 560
 561 ## Teuchos Error (Trilinos 10.4.1) when deal.II is Configured with Mumps, Blacs, Petsc and Trilinos 10.4.1
 562
 563 When deal.ii was configured to use Mumps and Blacs like so:
 564
 565 ```
 566         ./configure --enable-shared --disable-threads \
 567                     --with-cpu=native --with-umfpack  \
 568                     --with-mumps=PATH-TO-MUMPS \
 569                     --with-scalapack=PATH-TO-SCALAPACK \
 570                     --with-blacs=PATH-TO-BLACS  --with-lapack=lapack \
 571                     --with-metis-libs=/opt/local/lib \
 572                     --with-trilinos=PATH-TO-TRILINOS
 573 ```
 574
 575 the following error occurred during compilation:
 576
 577 ```
 578         ============================ Compiling expand_instantiations
 579         ============================ Compiling report_features
 580         Undefined symbols:
 581         "Teuchos::PrintActiveRCPNodes::PrintActiveRCPNodes()", referenced from:
 582          global constructors keyed to report_features.cc in ccnoQB3F.o
 583         "Teuchos::PrintActiveRCPNodes::~PrintActiveRCPNodes()", referenced from:
 584         global constructors keyed to report_features.cc in ccnoQB3F.o
 585         ld: symbol(s) not found
 586 ```
 587
 588 Removing {{{--with-mumps and --with-blacs}}} allowed successful compilation.
 589
 590 The compilers used above were OpenMPI's MPI wrappers (including the Fortran MPI compiler), which were compiled with Macports' gcc45.