Updated MacOSX (markdown)
[dealii.wiki.git] / MacOSX.md
1 # Using deal.II on Mac OS X
2
3 <!-- No auto-Table of Contents support! -->
4
5 ## Installing the prepacked image file
6
7 The easiest way to install dealII on Mac OS X is by downloading the prepackaged `.dmg` file from the download page. Simply download and drag the `deal.II.app` to the `/Applications/` folder.
8
9 The application is only a launcher for the `Terminal.app` application, which sets all required variables for deal.II to work correctly on your system.
10
11 The examples are in the folder
12
13         /Applications/deal.II.app/Contents/Resources/examples/
14
15 This application is always built with the latest version of the MacOS X operating system, and with the latest version of XCode. See instructions below to make sure your system is compatible with the binary application.
16
17 ## Detailed instructions:
18
19 1. Install xcode from the app store. You might need to install the command line tools. Open a terminal and make sure "clang --version" does not report "command not found". You might need to run
20
21         xcode-select --install
22
23     to install the tools.
24 2. Download the latest .dmg of deal.II from https://www.dealii.org/download.html and drag it into "applications".
25 3. You should now have cmake and deal.II in your "applications" in finder. Opening the deal.II app will give you a terminal you can use to compile deal.II applications. The library is installed somewhere in ```/Applications/deal.II.app/Contents/Resources```
26 NOTE: If you can not run the app because it is from an "unidentified developer", go to "Applications" in "Finder", ctrl+click (or right click) on the deal.II app and select "Open".
27 4. Optionally follow the instruction on the terminal, if you want to keep the deal.II library paths in your day to day terminal.
28 5. done.
29
30
31 # Instructions for Mac 10.9 Users, Deal.II ver. 8.0 or later (current trunk)
32
33 From Mac OS 10.9 onwards, Apple changed quite a few things in their developer tools. You should install XCode 5 **and** its command line tools. If you only do this, however, the installer  will not populate /usr/lib and /usr/include as it used to do, since from Mac OS 10.9, they decided that everything should be self contained in specific SDK directories. If you want to have the standard locations populated (to have, among others, zlib.h, etc.) you should also run the following command:
34   
35 ```sh
36 xcode-select --install
37 ```
38
39 which will download and install a lot of useful things for us.
40
41 If you decide to compile everything yourself, you should follow the instructions below. Otherwise we provide a useful package containing all precompiled libraries for the full optional deal.II under the Downloads section of this site.
42
43 # Simple instructions for Mac 10.8 Users, Deal.II ver. 8.1
44
45 Here are instructions for a minimal deal.II installation (without other packages):
46   1. Install XCode
47   1. Install XCode "command line tools" (you can find them under preferences->Downloads->Components).
48   1. Install cmake (download Mac OSX 64/32-bit Universal .dmg file, click to install, hit "install links into /local/bin")
49   1. Test that cmake works by running "cmake --version" in a terminal
50   1. Now proceed as explained in the deal.II readme (download the .tar.gz, extract using "tar xf deal.II-8.1.0.tar.gz", create build directory, cd into it)
51   1. You may need to overwrite the cxx compiler by calling:
52       cmake -D CMAKE_CXX_COMPILER=clang++ ..
53   1. Now proceed with "make install" and "make test"
54
55
56 # Instructions for Mac 10.8 Users, Deal.II ver. 8.0 or later (current trunk)
57
58 Recent Mac Versions come with Apple own version of gcc and clang compilers. They are both based on LLVM backend, but they behave slightly differently. 
59
60 **If you want to use deal.II in conjunction with Trilinos, then you should install the macports compiler gcc47**.
61
62 Step by step instructions (Working on Mac OS 10.8.8 and XCode 4.6.2): 
63
64   1. Install XCode
65   1. Install XCode "command line Tools" (you can find them under preferences->Downloads->Components).
66   1. (**only if you want to use also Trilinos**) Install macports (http://www.macports.org/)
67   1. Install gcc47
68 ```
69 sudo port install gcc47
70 ```
71   1. **Optional**: install all additional packages you might want to use with `deal.II`. For example:
72 ```
73 sudo port install arpack +gcc47 
74 sudo port install tbb +gcc47
75 sudo port install netcdf +gcc47
76 sudo port install boost +gcc47
77 sudo port install suitesparse +gcc47
78 sudo port install metis +gcc47
79 sudo port install qt4-mac +gcc47
80 ```
81
82 The openmpi package that comes with macports will not work properly with Trilinos. You should install it from scratch if you want mpi support.
83
84 I have customised my profile file in order to allow me to switch from one compiler to another in a relatively easy way, maintaining a reasonable structure in the libraries that I install, without the need to recompile everything when I change my mind. I try to use the same compiler for all the libraries I use, and to keep copies around of the compiled libraries in order to have a "backup plan" when things go wrong with my own deal.II experiments...
85
86 I usually keep all source files under the same directory (`$SRC`), build in subdirectories (`$SRC/library-name/$TYPE`) of the source directories, and install in separate "destination" directories (`$DST/library-name-$TYPE`). Of  course this is my personal taste. You can easily change this below....
87
88 At the end of your `~/.profile` file, add the following lines:
89 ```
90 # Available compilers: native, gcc, openmpi
91 . ~/.profile-libs gcc
92 ```
93
94 Create the file `~/.profile-libs`, which will accept a command line argument specifying the compiler to use:
95 ```sh
96 # TYPE is the first argument 
97 TYPE=$1
98
99 # Versions of the external libraries we want to compile/install
100 TRILINOS_VER=11.0.3
101 P4EST_VER=0.3.4
102
103 # Where source directories and install destination should be.
104 SRC=~/libs_src
105 DST=~/libs
106
107 # Change the following to suite your own system
108 case "$TYPE" in
109 native)
110     export CC=/usr/bin/clang
111     export CXX=/usr/bin/clang++
112     export USE_MPI=OFF
113     ;;
114 gcc)
115     export CC=/opt/local/bin/gcc-mp-4.7 
116     export CXX=/opt/local/bin/g++-mp-4.7 
117     export USE_MPI=OFF
118     ;;
119 openmpi)
120     export CC=/usr/local/bin/mpicc
121     export CXX=/usr/local/bin/mpic++
122     export USE_MPI=ON
123     ;;
124 esac
125
126 export DEAL_II_SRC=$SRC/deal.II
127 export P4EST_SRC=$SRC/p4est-$P4EST_VER
128 export TRILINOS_SRC=$SRC/trilinos-$TRILINOS_VER-Source
129
130 export DEAL_II_BUILD=$DEAL_II_SRC/$TYPE
131 export TRILINOS_BUILD=$TRILINOS_SRC/$TYPE
132 export P4EST_BUILD=$P4EST_SRC/$TYPE
133
134 export DEAL_II_DIR=$DST/deal.II-$TYPE
135 export P4EST_DIR=$DST/p4est-$P4EST_VER-$TYPE
136 export TRILINOS_DIR=$DST/trilinos-$TRILINOS_VER-$TYPE
137
138 export DYLD_LIBRARY_PATH=$TRILINOS_DIR/lib
139
140 ```
141
142 This assumes you have downloaded all your packages under `$SRC`, and that you are installing them under `$DST`. Change these to your liking. 
143
144 ## Trilinos 11.0.3
145
146 Once the above environment variables are set, you can install Trilinos using the following script:
147
148 ### trilinos.sh
149
150 ```sh
151 EXTRA_ARGS=$@
152
153 if [ ! -d "$TRILINOS_BUILD" ]; then
154         mkdir $TRILINOS_BUILD
155 fi
156 cd  $TRILINOS_BUILD
157
158 cmake \
159 -D TrilinosFramework_ENABLE_MPI:BOOL=$USE_MPI \
160 -D CMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=$TRILINOS_DIR \
161 -D TPL_ENABLE_MPI:BOOL=$USE_MPI \
162 -D BUILD_SHARED_LIBS:BOOL=ON \
163 -D CMAKE_BUILD_TYPE:STRING=RELEASE \
164 -D Trilinos_ENABLE_Fortran:BOOL=OFF \
165 -D Trilinos_WARNINGS_AS_ERRORS_FLAGS:STRING="" \
166 -D CMAKE_VERBOSE_MAKEFILE:BOOL=TRUE \
167 -D Trilinos_ENABLE_TESTS:BOOL=OFF \
168 -D Trilinos_ENABLE_ALL_PACKAGES:BOOL=OFF \
169 -D Trilinos_ENABLE_ALL_OPTIONAL_PACKAGES:BOOL=ON \
170 -D Trilinos_ENABLE_Epetra:BOOL=ON \
171 -D Trilinos_ENABLE_EpetraExt:BOOL=ON \
172 -D Trilinos_ENABLE_Tpetra:BOOL=ON \
173 -D Trilinos_ENABLE_Jpetra:BOOL=ON \
174 -D Trilinos_ENABLE_Kokkos:BOOL=ON \
175 -D Trilinos_ENABLE_Sacado:BOOL=ON \
176 -D Trilinos_ENABLE_Amesos:BOOL=ON \
177 -D Trilinos_ENABLE_AztecOO:BOOL=ON \
178 -D Trilinos_ENABLE_Ifpack:BOOL=ON \
179 -D Trilinos_ENABLE_Teuchos:BOOL=ON \
180 -D Trilinos_ENABLE_Rythmos:BOOL=ON \
181 -D Trilinos_ENABLE_Piro:BOOL=ON \
182 -D Trilinos_ENABLE_MOOCHO:BOOL=ON \
183 -D Trilinos_ENABLE_ML:BOOL=ON \
184 -D Trilinos_ENABLE_Thyra:BOOL=ON \
185 -D Trilinos_ENABLE_TrilinosCouplings:BOOL=ON \
186 $EXTRA_ARGS \
187 ../
188
189 make -j2 install
190 ```
191
192 ## p4est
193
194 The following script will install p4est. It has been modified from the file `doc/p4est-setup.sh` in the p4est distribution, to use the variables which where set in the environment.
195
196 ### p4est.sh
197
198 ```sh
199 #! /bin/bash
200
201 # This program comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
202
203 UNPACK=$P4EST_SRC
204
205 # choose names for fast and debug compilation directories
206 BUILD_DIR="$P4EST_BUILD"
207 BUILD_FAST="$BUILD_DIR/FAST"
208 BUILD_DEBUG="$BUILD_DIR/DEBUG"
209
210 function busage() {
211         echo "Usage: `basename $0` <p4est_tar.gz_file> [location>](<install)"
212 }
213 function bdie () {
214         echo "Error: $@"
215         exit 1
216 }
217
218
219 if test -z "$CFLAGS" -a -z "$P4EST_CFLAGS_FAST" ; then
220         export CFLAGS_FAST="-O2"
221 else
222         export CFLAGS_FAST="$CFLAGS $P4EST_CFLAGS_FAST"
223 fi
224 echo "CFLAGS_FAST: $CFLAGS_FAST"
225 if test -z "$CFLAGS" -a -z "$P4EST_CFLAGS_DEBUG" ; then
226         export CFLAGS_DEBUG="-O0 -g"
227 else
228         export CFLAGS_DEBUG="$CFLAGS $P4EST_CFLAGS_DEBUG"
229 fi
230 echo "CFLAGS_DEBUG: $CFLAGS_DEBUG"
231
232 # choose names for fast and debug installation directories
233 INSTALL_DIR="$P4EST_DIR"
234 INSTALL_FAST="$INSTALL_DIR/FAST"
235 INSTALL_DEBUG="$INSTALL_DIR/DEBUG"
236
237 echo
238 echo "This script tries to unpack, configure and build the p4est library."
239 echo "Build FAST: $BUILD_FAST"
240 echo "Build DEBUG: $BUILD_DEBUG"
241 echo "Install FAST: $INSTALL_FAST"
242 echo "Install DEBUG: $INSTALL_DEBUG"
243 echo "Checking environment: CFLAGS P4EST_CFLAGS_FAST P4EST_CFLAGS_DEBUG"
244
245 # remove old versions
246 if test -d "$BUILD_DIR" ; then
247         rm -rf "$BUILD_DIR"
248 fi
249
250 test -f "$UNPACK/src/p4est.h" || bdie "Main header file missing"
251 test -f "$UNPACK/configure" || bdie "Configure script missing"
252
253 echo "See output in files .../config.output and .../make.output"
254 echo
255 echo "Build FAST version in $BUILD_FAST"
256 mkdir -p "$BUILD_FAST"
257 cd "$BUILD_FAST"
258
259 if [ "$USE_MPI" == "ON" ]; then
260     ENABLE_MPI=--enable-mpi
261 else
262     ENABLE_MPI=""
263 fi
264
265 "$UNPACK/configure" $ENABLE_MPI --enable-shared \
266         --disable-vtk-binary --with-blas \
267         --prefix="$INSTALL_FAST" CFLAGS="$CFLAGS_FAST" \
268         CPPFLAGS="-DSC_LOG_PRIORITY=SC_LP_ESSENTIAL" \
269         "$@" > config.output || bdie "Error in configure"
270 make -C sc -j 8 > make.output || bdie "Error in make sc"
271 make -j 8 >> make.output || bdie "Error in make p4est"
272 make install >> make.output || bdie "Error in make install"
273 echo "FAST version installed in $INSTALL_FAST"
274
275 echo
276 echo "Build DEBUG version in $BUILD_DEBUG"
277 mkdir -p "$BUILD_DEBUG"
278 cd "$BUILD_DEBUG"
279 "$UNPACK/configure" --enable-debug $ENABLE_MPI --enable-shared \
280         --disable-vtk-binary --without-blas \
281         --prefix="$INSTALL_DEBUG" CFLAGS="$CFLAGS_DEBUG" \
282         CPPFLAGS="-DSC_LOG_PRIORITY=SC_LP_ESSENTIAL" \
283         "$@" > config.output || bdie "Error in configure"
284 make -C sc -j 8 > make.output || bdie "Error in make sc"
285 make -j 8 >> make.output || bdie "Error in make p4est"
286 make install >> make.output || bdie "Error in make install"
287 echo "DEBUG version installed in $INSTALL_DEBUG"
288 echo
289
290 ```
291
292 ## Deal.II
293
294 And finally, the deal.II library. Please consider using this script, since it will automatically 
295 feed the *build tests* page with the outcome of your compilation.
296
297 ### deal.sh
298
299 ```sh
300 if [ ! -d "$DEAL_II_BUILD" ]; then
301         mkdir $DEAL_II_BUILD
302 fi
303
304 NAME=`basename $DEAL_II_BUILD`
305 cp deal.conf $DEAL_II_BUILD/$NAME
306
307 cd $DEAL_II_SRC
308 svn update
309
310 LOGFILE=/usr/local/src/conf-scripts/deal.log
311
312 umask 0006
313
314 $DEAL_II_SRC/contrib/utilities/build_test -j4 \
315         CONFIGFILE=$DEAL_II_BUILD/$NAME \
316         SOURCE_DIR=$DEAL_II_SRC \
317         builddir=$DEAL_II_BUILD \
318         installdir=$DEAL_II_DIR \
319         LOGFILE=$LOGFILE \
320         MAKEOPTS=-j2 \
321         CLEAN_TMPDIR=false
322
323 grep SUCCESSFUL $LOGFILE && mail  dealii.build.tests@gmail.com < $LOGFILE 
324
325 ```
326
327 ## Using deal.II with Xcode IDE
328
329 Setting up Xcode for use of the deal.II libraries requires lots of project specifications that can automatically be generated by CMake. The following procedure covers the installation of necessary tools, the compilation of the deal.II libraries and the Xcode project generation. It was tested with Mac OS X 10.8.4, Xcode 4.6.3, CMake 2.8.10.2 and deal.II 8.0pre.
330
331 First, install Xcode (via the app store) and MacPorts (available on http://www.macports.org). Then install CMake with the terminal command
332 ```
333 sudo port install cmake
334 ```
335 Create a new folder on your machine somewhere and change to it in terminal. Then download the current deal.II version by typing
336 ```
337 svn checkout https://svn.dealii.org/trunk/deal.II
338 ```
339 Change to the deal.II subdirectory
340 ```
341 cd deal.II
342 ```
343 Create new build directory and change to it
344 ```
345 mkdir build
346 cd build
347 ```
348 Run cmake to prepare compilation
349 ```
350 cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/Users/Username/libs/deal_8.0.pre ..
351 ```
352 where the path is the directory where the deal.II library will be installed, change it as you like.
353 Compile the library
354 ```
355 make -j8
356 make install
357 ```
358 8 is the number of cores your machine has, change this if necessary. The first command might take a while (up to one hour). After compilation, the whole deal.II directory can be deleted, as the library is now installed in the path specified above (INSTALL_PREFIX). Go to the specified directory and change to the step-1 example folder. Run cmake to prepare example to be used with Xcode
359 ```
360 cmake -G Xcode -DDEAL_II_DIR=/Users/Username/libs/deal_8.0.pre .
361 ```
362 The DDEAL_II_DIR is the directory where the library is to be found, like specified before (INSTALL_PREFIX). The file step-1.xcodeproj is now generated and can be opened with Xcode. A click on RUN should compile the code into subdirectory "Debug", but not execute it. For build and run change Product -> Scheme to 'step-1'. Code completion, compiling and debugging should be working now. If you add a new class, activate target membership step-1 so that the class is automatically compiled when clicking on run.
363
364
365 ## Getting rid of pop-ups when running executables compiled with deal.II
366
367 When running an deal.II executable that uses MPI on a mac with the firewall or parental control enabled, a pop-up appears that asks 
368 "Do you want the application xxx to accept incoming network connections?". It pops up as many MPI precesses you asked for which becomes
369 annoying. The way to prevent the pop-up is to code sign your executable. If you have a code signing certificate, configure you project 
370 using the OSX_CERTIFICATE_NAME feature:
371 ```
372 cmake -DOSX_CERTIFICATE_NAME="put your code signing certificate name here" .
373 ```
374 The executable will be signed using the certificate every time it is recompiled.
375
376 If you don't have a certificate or you are not sure, then follow these instructions:
377
378   1. Open Keychain Access.
379   1. Choose Keychain Access->Certificate Assistant->Create a certificate.
380   1. Choose a name for the certificate (Something like "deal.II developer").
381   1. Choose Certificate Type "Code Signing".
382   1. Check "Let me override defaults".
383   1. Press Continue.
384   1. Write any serial number you want (the name and serial number must be unique in the system).
385   1. Select how many days you want the certificate to be valid (2000 is just above 5 years).
386   1. Press Continue then put your personal data (nobody will see that but you so you can have fun with it).
387   1. Press Continue to get Key Pair Information. Keep as is.
388   1. Press Continue to get Key Usage Extension. Keep as is.
389   1. Press Continue to get Extended Key Usage Extension. Keep as is.
390   1. Press Continue to get Basic Constraints Extension. Keep as is.
391   1. Press Continue to get Subject Alternate Name Extension. Keep as is.
392   1. Press Continue and keep the Keychain "login" selected.
393   1. Press Continue then Done.
394   1. Right Click on your newly generated certificate.
395   1. Select "Get Info"
396   1. Select the triangle next to "Trust"
397   1. Scroll down to "Code Signing" and change it "Always Trust"
398   1. The system will ask for the administrator password to allow the changes. Enter it and press OK.
399
400 Now you have a code signing certificate that you can use with deal.II. Configure the project with the new certificate with a command line like this:
401 ```
402 cmake -DOSX_CERTIFICATE_NAME="deal.II developer" .
403 ```
404
405
406
407 ---- 
408 # Older instructions
409
410 ---- 
411
412 ## Installation without PETSc and Trilinos
413
414 The installation of deal.II without support for Petsc and Trilinos is standard.
415 The gcc that comes with the latest version of Xcode works without problems.
416 At the time of writing this was gcc version 4.2.1 (Apple Inc. build 5646) (dot 1).
417 It is suggested that you use the latest version of Xcode available from
418 [## Dynamic libraries not found
419
420 If you get a message of the kind
421
422 ```
423 dyld: Library not loaded: libdeal_II_2d.g.6.2.1.dylib
424   Referenced from: /Users/.../deal.II/examples/step-1/./step-1
425   Reason: image not found
426 make: *** [run](http://developer.apple.com/technologies/tools/xcode.html]) Trace/BPT trap
427 ```
428
429 you have to set the path for dynamical libraries. Using <tt>csh</tt> or <tt>tcsh</tt>, this reads
430 ```
431 setenv DYLD_LIBRARY_PATH=$DYLD_LIBRARY_PATH:/Users/.../deal.II/lib
432 ```
433
434 while <tt>bash</tt> users use
435 ```
436 export DYLD_LIBRARY_PATH=$DYLD_LIBRARY_PATH:/Users/.../deal.II/lib
437 ```
438
439
440
441 ## Compiling Trilinos without Fortran support
442
443 One of the major hassles with using deal.II on a mac was compiling Trilinos which required fortran support.
444 It now seems possible to compile Trilinos 10.4.1  with all the features needed for deal.ii without fortran support. This is very nice as you can then simply use the mac gcc compilers and not worry about all the compatibility issues.
445
446 Here is my configure script:
447
448 ```sh
449 EXTRA_ARGS=$@
450 TRILINOS_HOME=/Users/andrewmcbride/lib/trilinos-10.4.1-Source
451
452  cmake \
453  -D CMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/Users/andrewmcbride/lib/trilinos-10.4.1-Source/MAC_SL \
454  -D CMAKE_BUILD_TYPE:STRING=RELEASE \
455  -D BUILD_SHARED_LIBS:BOOL=ON \
456  -D TPL_ENABLE_MPI:BOOL=OFF \
457  -DCMAKE_C_FLAGS:STRING="-fPIC" \
458  -DCMAKE_CXX_FLAGS:STRING="-fPIC" \
459  -D Trilinos_ENABLE_ALL_PACKAGES:BOOL=OFF \
460  -D Trilinos_ENABLE_Stratimikos:BOOL=ON \
461  -D Trilinos_ENABLE_Sacado:BOOL=ON \
462  -D Trilinos_ENABLE_NOX-Epetra:BOOL=OFF \
463  -D Trilinos_ENABLE_ALL_OPTIONAL_PACKAGES:BOOL=ON \
464  -D Trilinos_ENABLE_Fortran:BOOL=OFF \
465  -D CMAKE_CXX_COMPILER:FILEPATH=/usr/bin/g++ \
466  -D CMAKE_C_COMPILER:FILEPATH=/usr/bin/gcc \
467  $EXTRA_ARGS \
468  ${TRILINOS_HOME}
469 ```
470
471 ## Fortran support
472
473 Xcode does not provide support for Fortran.
474 This is needed (at present but see comments above) to compile Trilinos and PETSc with reasonable features.
475 To get the Fortan compilers on your mac you can follow one of several routes.
476
477  1. Install the precompiled high performance gcc libraries with Fortan support avaialble from  [A known problem with the latest release of these gcc libraries is said to be fixed (see [http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=43648](http://sourceforge.net/projects/hpc/]))
478
479  1. Build gcc with fortran support from source available from [http://gcc.gnu.org/]
480
481  1. Install gcc with fortran support using macports or similar.
482 This has never worked for me.
483
484 You will then need to install deal.II using these libraries: for example on my
485 mac the configure looks like this (no trilinos or petsc)
486 ```
487   $ ./configure --with-umfpack --with-blas --with-lapack
488   CC=/Users/andrewmcbride/lib/gcc_snwleo/usr/local/bin/gcc
489   CXX=/Users/andrewmcbride/lib/gcc_snwleo/usr/local/bin/g++
490   F77=/Users/andrewmcbride/lib/gcc_snwleo/usr/local/bin/gfortran
491   --with-doxygen=/Applications/Doxygen.app/Contents/Resources/doxygen
492 ```
493
494 ## Dynamic_cast bug
495
496 Due to inconsistencies between the Xcode and standard gcc releases a bug arose that caused deal.II to "crash" when performing certain dynamic casts.
497 A work around this problem was implemented in December 2009.
498 It is suggested that you install the svn version of deal.II to ensure this problem does not arise
499
500
501 ## Installation with Trilinos 10.2 and CMake
502
503 The latest versions of Trilinos require one to use the CMake build system, which requires some system configuration up front.  These steps were followed to obtain a working installation of Trilinos with MPI and deal.II.
504
505 On a fully updated 10.6 (Snow Leopard) machine, you should be able to install mac ports, and then install their versions of gcc45 and cmake.  To get a Fortran MPI compiler, you can download the latest version of OpenMPI, and compile it with the MacPorts gcc45, and install it in some directory (NOT the system one!!), making sure that the new /bin directory is in your PATH first.
506
507 Next, download and untar the Trilinos source, then create a directory where you want to build Trilinos.  Inside of that directory, copy the following into a text file:
508
509 ```sh
510  #!/bin/sh
511
512  EXTRA_ARGS=$@
513
514  rm -f CMakeCache.txt
515
516  cmake \
517  -D TrilinosFramework_ENABLE_MPI:BOOL=ON \
518  -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/path_to/trilinos_install_dir \
519  -D TPL_ENABLE_MPI:BOOL=ON \
520  -D MPI_BASE_DIR:PATH=/path_to_custom_MPI_install/mpi \
521  -D BUILD_SHARED_LIBS:BOOL=ON \
522  -D CMAKE_BUILD_TYPE:STRING=DEBUG \
523  -D CMAKE_CXX_COMPILER:FILEPATH=mpicxx \
524  -D CMAKE_C_COMPILER:FILEPATH=mpicc \
525  -D CMAKE_Fortran_COMPILER:FILEPATH=mpif90 \
526  -D Trilinos_WARNINGS_AS_ERRORS_FLAGS:STRING="" \
527  -D CMAKE_VERBOSE_MAKEFILE:BOOL=TRUE \
528  -D Trilinos_ENABLE_TESTS:BOOL=OFF \
529  -D Trilinos_ENABLE_ALL_PACKAGES:BOOL=TRUE \
530  -D Trilinos_ENABLE_ALL_OPTIONAL_PACKAGES:BOOL=ON \
531  -D Trilinos_ENABLE_Epetra:BOOL=ON \
532  -D Trilinos_ENABLE_EpetraExt:BOOL=ON \
533  -D Trilinos_ENABLE_Tpetra:BOOL=ON \
534  -D Trilinos_ENABLE_Jpetra:BOOL=ON \
535  -D Trilinos_ENABLE_Kokkos:BOOL=ON \
536  -D Trilinos_ENABLE_Sacado:BOOL=ON \
537  -D Trilinos_ENABLE_Amesos:BOOL=ON \
538  -D Trilinos_ENABLE_AztecOO:BOOL=ON \
539  -D Trilinos_ENABLE_Ifpack:BOOL=ON \
540  -D Trilinos_ENABLE_Teuchos:BOOL=ON \
541  -D Trilinos_ENABLE_ML:BOOL=ON \
542  -D Trilinos_ENABLE_Thyra:BOOL=ON \
543  -D Trilinos_ENABLE_TrilinosCouplings:BOOL=ON \
544  $EXTRA_ARGS \
545  /path_to/trilinos-10.2.2-Source
546 ```
547
548 Note that you will have to specify the paths for where to install Trilinos, where to find the source, and where to find your newly compiled MPI.  Next, you should give this text file executable permissions, and run it; Trilinos will configure.  You should then be able to compile it using 'make all -jX', where X is the number of cores you have, and then 'make install'.
549
550 To configure deal.II, you should set the environment variable 'TRILINOS_DIR' to your install directory for Trilinos, then export the /lib subdirectory of that location to the DYLD_LIBRARY_PATH.  You should then be able to configure deal.II and have it see the installation.
551
552 Note: additional packages can be added by simply adding another line like {{{-D Trilinos_ENABLE_AztecOO:BOOL=ON}}}  Also, there is no claim that this list of options is complete/optimal, but it seems to work well for the author of this note.
553
554
555
556 ## Teuchos Error (Trilinos 10.4.1) when deal.II is Configured with Mumps, Blacs, Petsc and Trilinos 10.4.1
557
558 When deal.ii was configured to use Mumps and Blacs like so:
559
560 ```
561         ./configure --enable-shared --disable-threads \
562                     --with-cpu=native --with-umfpack  \
563                     --with-mumps=PATH-TO-MUMPS \
564                     --with-scalapack=PATH-TO-SCALAPACK \
565                     --with-blacs=PATH-TO-BLACS  --with-lapack=lapack \
566                     --with-metis-libs=/opt/local/lib \
567                     --with-trilinos=PATH-TO-TRILINOS
568 ```
569
570 the following error occurred during compilation:
571
572 ```
573         ============================ Compiling expand_instantiations
574         ============================ Compiling report_features
575         Undefined symbols:
576         "Teuchos::PrintActiveRCPNodes::PrintActiveRCPNodes()", referenced from:
577          global constructors keyed to report_features.cc in ccnoQB3F.o
578         "Teuchos::PrintActiveRCPNodes::~PrintActiveRCPNodes()", referenced from:
579         global constructors keyed to report_features.cc in ccnoQB3F.o
580         ld: symbol(s) not found
581 ```
582
583 Removing {{{--with-mumps and --with-blacs}}} allowed successful compilation.
584
585 The compilers used above were OpenMPI's MPI wrappers (including the Fortran MPI compiler), which were compiled with Macports' gcc45.

In the beginning the Universe was created. This has made a lot of people very angry and has been widely regarded as a bad move.

Douglas Adams


Typeset in Trocchi and Trocchi Bold Sans Serif.