Interfacing-With-Matlab.md

   1 # A few hints about interfacing with Matlab
   2
   3 ## Introduction
   4
   5 While deal.II offers a lot of possibilities to output data in different formats to produce awesome graphics, sometimes you experience the need to evaluate the data directly. Most of the deal.II classes have methods to temporarily write out raw data (e.g. Vector::block_write, etc.), and maybe you find it useful to load and modify the data in an environment like Matlab. The following scripts enable reading and writing of deal.II vector data, codes to process matrices may follow.
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   7 These codes should be easy to port to Octave.
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   9 <wiki:toc  />
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  11 ## Reading vectors
  12
  13 ```matlab
  14 function v = read_deal_vec(file, accuracy);
  15 % function vect = read_deal_vec(file);
  16 % function vect = read_deal_vec(file, accuracy);
  17 %
  18 % reads in a DEAL.II vector, written by Vector<>::block_write().
  19 % The vector is stored in "file", which can be either a filename or
  20 % a file handle. If you supply a filename, the file will be closed
  21 % automatically.
  22 % You usually only supply a file handle if more than one vector is
  23 % stored within the file.
  24 % "Accuracy" can be given if you stored a vector storing floats or
  25 % long doubles. It is by default set to 'double'.
  26 %
  27 % Ralf B. Schulz, 2003--2005
  28
  29 if(nargin < 2),  accuracy = 'double'; end;
  30
  31 if(isnumeric(file))
  32     closefile = 0;
  33 else
  34     file = fopen(file, 'r');
  35     closefile = 1;
  36 end;
  37
  38 n = fscanf(file,'%d',1)
  39 v = zeros(1,n);
  40 while(fscanf(file,'%c',1) ~= '[end;
  41
  42 v = fread(file, n, accuracy);
  43
  44 if(fscanf(file,'%c',1) ~= ']('),)'), error('wrong file format!'); end;
  45
  46 if(closefile)
  47     fclose(file);
  48 end;
  49 ```
  50
  51 ## Writing Vectors
  52
  53 ```matlab
  54 function write_deal_vec(file, vec, accuracy);
  55 % function write_deal_vec(file, vector);
  56 % function write_deal_vec(file, vector, accuracy);
  57 %
  58 % writes out a DEAL.II vector that can be read in using
  59 % Vector<>::block_read(). The vector is stored in "file",
  60 % which can be either a filename or a file handle. If you
  61 % supply a filename, the file will be closed automatically.
  62 % You usually supply a file handle if more than one vector is
  63 % to be written to the file.
  64 % "Accuracy" can be given if you stored a vector storing floats or
  65 % long doubles. It is by default set to 'double'.
  66 %
  67 % Ralf B. Schulz, 2003--2005
  68
  69 if(nargin<3)
  70     accuracy = 'double';
  71 end;
  72
  73 vec = vec(:);
  74
  75 if(isnumeric(filename))
  76    file = filename;
  77    closefile = 0;
  78 else
  79     file = fopen(filename, 'w');
  80     closefile = 1;
  81 end;
  82
  83 fprintf(file,'%d\n[length(vec));
  84 fwrite(file, vec, accuracy);
  85 fprintf(file,'](',)\n');
  86
  87 if(closefile)
  88     fclose(file);
  89 end;
  90 ```